중도 퇴사·이직 시 연말정산 완벽 가이드 ― 원천징수영수증부터 5월 신고까지

연말정산은 기본적으로 “한 회사에서 1년을 근무한 근로자”를 기준으로 설계된 제도입니다.
따라서 회사가 급여·원천징수세액·공제자료를 모두 보유하고 있는 경우에는 특별한 절차 없이 자동으로 정산이 이루어집니다.

 

하지만 중간에 이직하거나 퇴직한 경우에는 상황이 달라집니다.
소득세는 연간 소득 전체를 기준으로 계산되기 때문에, 근무지가 바뀌거나 소득 형태가 달라지면 본인이 직접 챙겨야 할 추가 절차가 반드시 발생합니다.

 

이번 글에서는
① 같은 해 이직자
② 중도 퇴직자
③ 퇴직 후 창업자
④ 퇴직소득 처리

까지, 각각 어떤 서류가 필요하고 어떤 신고를 해야 하는지 실무 기준으로 정리해보겠습니다.

이직·퇴사하면 연말정산 방식이 달라집니다.

이직자의 핵심은 ‘원천징수영수증 제출’.

퇴직자는 5월 신고가 사실상 2차 연말정산.

근로 + 사업소득은 반드시 합산신고.

퇴직금은 근로소득이 아닌 ‘퇴직소득’.

 

1️⃣ 같은 해에 이직한 경우 ― “원천징수영수증”이 핵심

이직자는 이전 회사(종전 직장)의 원천징수영수증을 반드시 확보해야 합니다.
이 서류는 새 회사가 연말정산을 할 때, 두 회사의 급여를 합산해 1년 전체 소득으로 계산하는 핵심 자료이기 때문이죠.

퇴사할 때 회사는 1월 1일부터 퇴사일까지의 급여와 세금을 정산합니다.
이때 발급되는 것이 바로 근로소득 원천징수영수증입니다.

 

이 자료를 새 회사 인사팀에 제출해야만 전체 연간 소득으로 연말정산이 완료됩니다.

💡 실무 팁

• 퇴사 시 인사팀에 “원천징수영수증 발급”을 반드시 요청하세요.
• PDF 형태라도 새 회사에 제출해야 실제 반영됩니다.
• 제출하지 않으면 새 회사는 ‘현 직장 소득’만 반영하기 때문에 이전 직장의 급여가 빠지고, 결과적으로 5월 종합소득세 신고를 직접 해야 합니다.
• 신고를 누락하면 무신고 가산세(20%)와 납부불성실 가산세가 부과될 수 있습니다.

즉, 이직자의 원천징수영수증은 세금 누락을 막는 유일한 증빙입니다.

2️⃣ 퇴직 후 재취업하지 않은 경우 ― “5월 종합소득세 신고로 마무리”

중도 퇴직 후 같은 해에 다른 회사로 옮기지 않았다면, 퇴직 당시 회사가 퇴사일까지의 소득만 정산합니다.
이른바 ‘중도정산’이죠.

예를 들어 7월 퇴사자라면 1~7월까지의 급여와 공제만 포함됩니다.
문제는 이후 8~12월에 본인이 납입한 의료비, 기부금, 월세 등은 자동으로 반영되지 않는다는 점입니다.

이 경우 다음 해 5월에 종합소득세 확정신고를 해야 누락분을 반영할 수 있습니다.
국세청 홈택스에서 ‘근로소득자(퇴직자) 신고’ 메뉴를 이용하면 손쉽게 신고 가능합니다.
퇴직 전 원천징수영수증을 첨부하면 이미 납부한 세액이 자동으로 불러와집니다.

 

💡 실무 체크포인트

• 퇴직 이후의 의료비, 교육비, 월세, 기부금은 5월 신고 때 직접 반영해야 합니다.
• 모든 공제자료는 본인 명의 영수증·납입확인서로 증빙 가능해야 합니다.
• 홈택스 신고 시 ‘근로소득자 종합소득세 확정신고’ 유형을 선택하세요.

퇴직자는 이 절차를 통해야만 정확한 세액 계산이 가능합니다.
즉, 5월 종합소득세 신고는 퇴직자의 ‘제2의 연말정산’입니다.

3️⃣ 퇴직 후 개인사업을 시작한 경우 ― “근로소득 + 사업소득 합산 신고”

조금 더 복잡한 케이스입니다.
퇴직 후 사업을 시작했다면, 한 해 동안 두 종류의 소득이 발생합니다.

• 퇴사 전: 근로소득
• 사업 시작 후: 사업소득

소득세는 연간 모든 소득의 합계로 계산되므로, 이 두 가지를 합산해 다음 해 5월에 종합소득세 신고를 해야 합니다.

이때 전 직장의 원천징수영수증과, 사업장의 수입·지출 명세서를 함께 제출하면 됩니다.
또 퇴직 전 공제받지 못한 의료비, 부양가족, 연금저축 납입액 등도 이 시점에서 추가 반영이 가능합니다.

 

💡 실무 팁

• 신고서에서 근로소득 + 사업소득 항목을 모두 체크해야 합니다.
• 전 직장에서 이미 납부한 세금은 ‘기납부세액’으로 처리됩니다.
• 부가가치세 신고(사업자등록)와는 별개 절차이므로 혼동하지 마세요.

사업자등록만 해두고 종합소득세 합산신고를 누락하면 세법상 ‘불완전 신고’로 간주되어 가산세 위험이 발생할 수 있습니다.

4️⃣ 퇴직금 과세 ― 근로소득과는 별도 계산

퇴직금은 급여의 연장처럼 보이지만, 세법상 ‘퇴직소득’으로 따로 계산됩니다.
이는 장기간 근무에 대한 보상금이기 때문에
일반 근로소득과 합산하면 세부담이 과도해질 수 있죠.

 

그래서 세법은 퇴직금에 대해 퇴직소득세 별도 계산식을 둡니다.

퇴직소득 = [(총 퇴직급여 – 비과세 금액) ÷ 근속연수] × 근속연수 × 퇴직소득공제

이 계산식에 따라 근속연수가 길수록 세율이 낮아지고, 동일 금액이라도 근로소득으로 과세될 때보다 부담이 크게 줄어듭니다.
또 2년 이상 근속했다면 퇴직소득세의 일부는 분리과세로 확정되어
다른 소득과 합산되지 않습니다.

 

💡 참고 사례

법원은 “퇴직 위로금이라도 근로계약 종료를 전제로 일률 지급됐다면 퇴직소득으로 보는 것이 타당하다”고 판시한 바 있습니다.
단, 실적보상금·격려금처럼 퇴직과 직접 관련 없는 지급은 근로소득으로 과세됩니다.

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✅ 정리 ― 이직·퇴직 시 반드시 챙겨야 할 네 가지

구분	주요 절차	핵심 포인트
이직자	원천징수영수증 제출	두 회사 급여 합산 → 연말정산 완결
퇴직자	5월 종합소득세 신고	중도정산 이후 지출 공제 직접 반영
퇴직 후 사업자	근로+사업소득 합산 신고	공제 누락·가산세 예방
퇴직금	별도 퇴직소득세 체계	장기근속 시 세율 완화 효과

 

 “마지막 월급보다 마지막 서류가 더 중요하다”

이직이나 퇴직은 누구나 겪을 수 있는 과정이지만, 세법의 눈으로 보면 이 시점이 세금관리의 분기점입니다.

 

마지막 근무일에는 꼭 다음 서류를 챙기세요.

• 원천징수영수증
• 퇴직금 명세서

위의 자료가 있어야 퇴직 이후의 세금 절차가 깔끔히 마무리됩니다.

5월 신고를 놓치면 이미 낸 세금을 돌려받지 못할 뿐 아니라 추가 가산세를 부담할 수도 있습니다.
반대로 자료를 잘 챙기면, 의료비·기부금·월세 등으로 환급까지 가능합니다.

결국 연말정산은 회사가 대신해주는 절차가 아니라, 근로자 스스로의 세금 정산을 완성하는 마지막 절세 기회입니다.

 

 

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