세무조사 통지 대응 매뉴얼｜사전통지 후 20일 동안 무엇을 준비해야 하나?

세무조사 사전통지서는 납세자에게 조사가 예정되었음을 알리는 공식 문서입니다.
이는 혐의를 확정하는 통지서가 아니며, 조사 전 준비를 위한 기간이 주어졌다는 의미이기도 합니다.
세무조사는 일반적인 절차에 따라 진행되므로, 통지서를 받았을 때의 초기 대응이 이후 조사 흐름을 결정합니다.

 

아래에서는 사전통지 후 조사 개시까지의 준비 과정을 단계별 정리했습니다.

 

1️⃣ 통지서를 분석해 조사 범위·기간·세목을 확인하는 단계

세무조사 통지서는 조사의 대상과 범위를 특정하는 문서입니다.
조사대상 세목(법인세·소득세·부가가치세 등), 조사기간(예: 2023사업연도), 그리고 조사 사유(정기조사·신고내용 검증·탈루혐의 등)가 함께 기재됩니다.

 

이 정보는 조사권한의 범위를 결정하는 기준이 되므로 통지서를 수령하면 우선 세목·기간·사유를 정확히 파악해야 합니다.
특정 세목이 기재되지 않았다면 조사공무원이 그 세목에 관해 조사할 수 없고, 범위를 확대하려면 별도의 추가통지 절차가 필요합니다.

 

조사 개시일까지의 기간은 원칙적으로 20일이며 이 기간은 장부 점검과 자료 정리의 기초 작업을 진행할 수 있는 준비 기간입니다.

통지서 사본을 보관해두고, 주요 항목에 표시를 해두면 이후 조사 과정에서 범위 초과 여부를 판단하는 데 도움이 됩니다.

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2️⃣ 조사 개시 전 장부·증빙의 정합성을 점검하는 단계

사전통지 후 조사 개시일까지는 납세자가 스스로 신고자료와 장부의 일치 여부를 점검할 수 있는 주요 기간입니다.

 

이는 조사 결과에 영향을 미치는 실제 준비 단계이며, 일반적으로 다음 항목들을 점검합니다.

 

● 최근 3개 사업연도의 재무제표 변동 분석

매출·매입·경비 계정의 급증·급감 여부는 조사 초기에 확인되는 항목입니다.

 

● 세금계산서 및 계정별 원장 점검

거래처별 세금계산서의 공급가액·세액 합계가 신고된 매입·매출과 일치하는지 확인합니다.

 

● 현금·카드·계좌 거래의 일관성 확인

장부와 금융계좌가 일치하는 구조인지,현금 인출이나 계좌 이체의 용도를 설명할 수 있는지 점검합니다.

 

● 경비성 지출의 적정성 확인

접대비, 복리후생비, 차량유지비 등 설명자료가 필요한 항목을 중심으로 근거를 확보하는 것이 일반적입니다.

 

조사 개시 전 점검은 장부의 오류를 수정하거나 소명자료를 사전에 준비하는 과정이므로 조사 대응의 기초가 되는 절차입니다.

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3️⃣ 세무대리인과 조사 시나리오를 검토하는 단계

조사 과정에서는 장부 검토 외에도 질의응답, 사실관계 확인, 거래 상대방에 대한 자료조회 등 다양한 방식이 이루어집니다.
따라서 조사 개시 전에 세무대리인과 함께 예상 질의에 대한 입장과 사실관계를 정리하는 절차가 필요합니다.

 

일반적으로 다음 항목에 대한 시나리오를 검토합니다.

• 특정 거래의 실재 여부를 어떻게 입증할 것인지
• 대표자 개인지출과 법인경비의 구분 기준은 무엇인지
• 경비 계정의 변동이 경영상 판단에 따른 것인지
• 자료 제출 시 보완이 필요한 항목은 무엇인지

조사 단계에서의 진술은 조사서·문답서에 기재될 수 있으며 이후 과세 판단의 자료로 활용됩니다.

따라서 조사 개시 전, 세무대리인과 사실관계 정리 → 예상 질의 검토 → 필요한 증빙 확보
순서로 준비하는 것이 일반적인 대응 방법입니다.

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4️⃣ 조사 과정에서는 사실 확인과 자료 제출 절차를 기록하는 단계

조사가 시작되면 조사공무원은 장부·전자자료·증빙 등의 확인을 요청하게 됩니다.

이 단계에서 중요한 것은 조사 과정에서 이루어진 요청·제출·질의응답을 기록하는 것입니다.

 

실무에서는 다음 사항을 점검합니다.

 

1. 조사 요청사항은 문서 또는 이메일로 수령

자료요구서의 범위와 제출기한을 기록해두는 것이 중요합니다.

 

2. 조사 중 질의응답을 문서화

구술 질의의 경우, 조사 공무원의 설명과 자신의 답변 내용을 별도로 메모해두면 과세전적부심사 단계에서 활용할 수 있습니다.

 

3. 조사 과정에서 범위 확대 여부 확인

통지서에 포함되지 않은 세목이나 기간이 언급되면 추가통지 여부를 확인해 법적 범위 내에서 진행되는지 점검합니다.

 

4. 조사결과 설명에는 세무대리인 동석

조사관이 설명하는 쟁점과 소명 요구사항을 정확히 확인하기 위한 절차입니다.

조사 중 진술한 내용은 이후 조사서에 반영될 수 있으므로 사실에 근거하여 일관된 내용으로 답변하는 것이 필요합니다.

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5️⃣ 조사 종료 후 의견 제출 및 사후 절차를 검토하는 단계

조사가 종료되면 조사공무원은 조사결과 요약을 설명하고, 필요한 경우 과세예고통지서를 발송합니다.

 

이 통지를 받은 후에는 「국세기본법」 제81조의15에 따라 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다.

의견제출기한은 통지를 받은 날부터 30일이며, 조사 단계에서 쟁점으로 제시된 항목에 대한
사실관계·입증자료·해석 논리를 정리해 제출합니다.

 

과세전적부심사는 조사 단계에서 제시된 판단이 적정한지 국세청 내부에서 다시 검토하는 절차이므로,
조사 종료 직후 대응 전략을 정리하는 것이 중요합니다.

 

세금이 확정된 이후에는 이의신청·심사청구 등 별도의 불복절차가 이어지므로 조사 단계에서 사실관계를 명확히 정리하는 것이
불복 절차 부담을 줄이는 데 도움이 됩니다.

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🔎 결론 ― 통지서 이후의 대응 순서가 조사 결과를 결정한다

세무조사 통지서를 수령한 시점은 조사권의 범위가 확정되고, 납세자의 준비가 시작되는 단계입니다.
통지서 분석, 장부 점검, 조사 시나리오 준비, 조사 중 기록, 그리고 조사 종료 후 의견제출까지의 과정은
모두 조사 결과에 영향을 미치는 단계적 절차입니다.

 

세무조사 자체는 정해진 법적 절차에 따라 진행되며 납세자가 준비한 사실관계와 자료의 일관성이
결과의 중요한 판단 요소가 됩니다.
따라서 사전통지 이후의 대응을 절차적으로 정리하는 것이 조사 전반의 안정적 진행에 도움이 됩니다.

 

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