병의원 세무조사 적발사례 총정리 ― 비보험수입·가공매입·MSO 패턴의 실제

병의원 세무조사는 “선정기준”보다 이후 단계가 더 까다롭습니다.
조사 대상에 한 번 올랐다면, 국세청은 비보험수입·원가·경비·자금흐름을 전체적으로 대조합니다.
이때 조금이라도 흐름이 어색하면 바로 검증 절차가 확장되는데,  실제 적발되는 항목들은 거의 늘 비슷한 패턴을 보입니다.

 

이번 글에서는 병원들이 가장 많이 적발되는 유형과 전형적 흐름을 실무 위주로 정리합니다.

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1️⃣ 병의원 세무조사는 “매출”보다 먼저 “패턴”을 찾습니다

이전편에서 조사 선정 이유를 설명했다면, 이번글에서는 어떤 방식으로 적발되는지가 핵심입니다.

 

의료업 세무조사는 아래처럼 진행됩니다.

1. 비보험 진료 흐름
2. 원재료 매입 흐름
3. 의약품·소모품 재고
4. 인건비 구조
5. 자금 이동 패턴(MSO, 가족계좌)
6. 경비의 업무성

즉, 하나의 수치가 어긋나면 그 지점을 중심으로 전 기간이 재검증됩니다.

실무에서는 이를 “하나만 튀어도 전부 열린다”라고 표현합니다.

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2️⃣ 비보험수입 누락

― 차트·촬영일지·수술내역과 비교하면 거의 바로 드러납니다

 

비보험은 병의원 매출에서 가장 민감한 영역입니다.
보험진료는 심평원 자료로 자동 보고되지만, 비보험은 병원 내부 기록이 기준이기 때문입니다.

 

국세청이 비교하는 대표 자료는 다음과 같습니다.

• 진료차트
• 수술일지
• MRI·CT 촬영일지
• 진단서 발급 기록
• 방문기록(체크인 로그)

예를 들어 MRI 촬영이 100건인데 매출에는 60건만 잡혀 있다면 그 40건의 차이가 ‘누락’으로 바로 넘어갑니다.

성형외과·치과·피부과는 비보험 비중이 70~90%까지 올라가는 경우도 있어 단 한 달 자료만 비교해도 탈루액이 수천만 원 단위로 나오는 사례가 흔합니다.

 

👉 실무 코멘트

비보험 누락은 “시스템이 못 잡는다”는 오해가 많지만 실제 조사에서는 오히려 가장 빠르게 적발되는 항목입니다.
차트·촬영기록은 조작하기 어렵고 흔적이 남기 때문입니다.

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3️⃣ 가공매입 및 허위세금계산서

― 매출이 그대로인데 원가가 늘면 거의 자동 점검 대상입니다

 

병의원 세무조사에서 두 번째로 많은 적발 유형이 가공매입입니다.
특히 한의원·치과·피부과처럼 특정 원재료 비중이 큰 과목은 더 명확하게 드러납니다.

 

예를 들어:

• 치과: 금 매입 비중이 급증
• 한의원: 녹용·한약재 소비량이 비정상적으로 증가
• 피부과: 필러·소모품 매입량이 진료건수와 맞지 않음

국세청은 다음 자료로 실제 거래 여부를 대조합니다.

• 의약품 유통이력 시스템
• 세금계산서 발행처 통장 거래
• 배송 내역
• 카드전표 기록

실제 사용량에 비해 매입이 과다하면 필수적으로 가공세금계산서 여부 → 과다경비 부인 → 가산세 순서로 이어집니다.

 

👉 실무 코멘트

매입이 실제보다 커져 있는 병원은 경비율을 맞추려는 의도가 있는 경우가 많습니다.
하지만 의료업은 원재료 흐름이 명확해서 방어가 쉽지 않습니다.

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4️⃣ 변칙경비(사적비용·허위직원·과대경비)

― “업무 관련성”을 입증하지 못하면 전액 부인됩니다

 

병의원 경비에서 자주 적발되는 항목은 다음과 같습니다.

• 원장 개인의 해외여행비, 가족여행비
• 골프·요트·승마 등 취미성 지출
• 가족을 직원으로 등록하고 인건비 계상
• 상담실장 인센티브를 과대 계상 후 일부 환급
• 의료사고 합의금을 과대계상
• 병원과 무관한 명품·고가 소비재를 복리후생비로 처리

국세청은 다음 자료로 업무 관련성을 검증합니다.

• 카드 사용 내역
• 숙박·항공권 상세 정보
• SNS 게시물(실무에서 의외로 자주 활용됩니다)
• 직원 출퇴근 기록
• 행사계획서·대관내역

업무성과가 없는 경비는 전액 부인되며, 개인적 지출이 확인되면 인정상여 → 소득세 추징으로 이어집니다.

 

👉 실무 코멘트

의외로 “가족직원 급여”는 많이 적발됩니다.
근로제공 사실을 입증할 자료(업무 내역, 출근기록)가 없으면 방어가 사실상 어렵습니다.

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5️⃣ MSO(병원경영지원회사) 구조

― 단가 왜곡·현금수취·3각거래는 최근 조사에서 집중되는 부분입니다

 

프랜차이즈 병원 구조에서는 MSO 활용이 일반적입니다.
문제는 이 MSO가 과도한 단가, 현금수취, 비용 부풀리기 구조와 결합될 때입니다.

 

대표적인 적발 패턴은 다음과 같습니다.

• 병원이 실제 받은 가맹비보다 적은 금액만 신고
• 나머지는 MSO → 병원장 개인 계좌로 현금 이동
• MSO가 소모품·마케팅 비용을 고가로 청구해 경비 부풀림
• 본점·지점·MSO 간 거래가 순환 구조를 형성

국세청은 이 경우 부당행위계산부인을 적용합니다.
필요경비 전액 부인 → 특수관계자 조정 → 가산세 부과로 이어집니다.

 

👉 실무 코멘트

MSO 계약은 범위·단가·성과지표가 명확해야만 방어가 가능합니다.
“실질 없는 비용”은 의료업 조사에서 가장 칼같이 정리됩니다.

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6️⃣ 부가매출 누락(동물병원·한의원 등)

― 진료는 투명한데 부수채널에서 누락되는 경우가 많습니다

 

병의원은 진료 전산이 잘 되어 있어 진료·수술 분야는 깔끔하게 신고되는 경우가 많습니다.

 

그런데 다음 부가매출 부분에서 누락이 반복됩니다.

• 사료·미용·용품 판매(동물병원)
• 한약 조제·택배 발송(한의원)
• 피부관리·패키지 판매(피부과)

예를 들어 한약 택배 발송 건수가 월 200건인데 관련 매출이 턱없이 적다면 택배비 영수증만으로도 매출을 역산할 수 있습니다.

 

👉 실무 코멘트

부가매출은 “환자 관리 목적”이라고 가볍게 처리하는 경우가 많지만 세무조사에서는 전형적인 누락 지점으로 봅니다.

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7️⃣ 차량비용과 감가상각

― 숫자보다 더 중요한 건 “업무 사용 흔적”입니다

 

업무용 승용차는 연 1,000만 원 한도에서만 비용이 인정됩니다.
문제는 대부분의 병원이 차량을 개인·가족 용도로 병행한다는 점입니다.

 

조사에서 확인하는 자료는 다음과 같습니다.

• 운행기록부
• 일정표
• 주차 영수증
• 학원·학교 이동 기록(자녀 관련)
• 병원 간 이동 경로

업무 관련성이 떨어지면 감가상각비·보험료·유류비·리스료가 모두 부인됩니다.

 

👉 실무 코멘트

병원 차량은 고가일수록 조사 리스크가 높습니다.
업무 사용 기록을 만들어두는 것이 가장 현실적인 방어입니다.

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8️⃣ 적발 패턴 요약 + 셀프 점검 체크리스트

반복되는 적발 흐름은 다음 다섯 가지입니다.

1. 비보험수입 누락
2. 과도한 원재료 매입
3. 사적 비용의 경비화
4. MSO 단가 왜곡
5. 부가매출 누락

병원이 스스로 점검해야 할 핵심 체크리스트

1. 비보험 진료 자료(차트·촬영·수술)와 매출이 일치하는가
2. 원재료비가 매출 흐름과 자연스럽게 연결되는가
3. 경비별로 ‘업무 관련성’을 입증할 증빙이 있는가
4. 가족직원·인건비 구조가 실근무와 동일한가
5. MSO 계약은 “실질”을 보여줄 문서가 있는가
6. 동물병원·한의원 등 부가매출 채널의 전표·입금이 맞물리는가
7. 차량 운행 기록이 실제 일정과 일치하는가

위 체크리스트만으로도 대부분의 세무조사 리스크를 사전에 줄일 수 있습니다.

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9️⃣ 마무리 ― 병의원 세무조사의 핵심은 “증빙”입니다

병원 세무조사는 숫자 크기보다 그 숫자를 설명할 수 있는 증빙의 일관성이 핵심입니다.

비보험 매출이든, 원재료비든, 인건비든, 설명이 가능하면 대부분 방어가 가능합니다.
반대로 증빙이 모호하면 작은 금액에서도 논점이 커집니다.

 

👉 오늘의 결론:

병원 경영에서 증빙은 비용이 아니라 “보험”입니다.
평소 정리 습관이 병원을 지키는 가장 현실적인 방패입니다.

 

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