세금은 이미 냈는데, 왜 5월에 종합소득세를 다시 신고할까?

종합소득세 시즌이 되면 가장 많이 나오는 질문이 있습니다.
이미 거래처에서 3.3%를 원천징수당했고, 급여에서도 세금이 빠졌는데 왜 5월에 또 신고(또는 납부)를 해야 하느냐는 질문입니다.

이 부분은 “종합소득세가 추가로 붙는 세금”이라는 인식에서 혼란이 생기는데, 종합소득세는 성격이 다릅니다.

종합소득세는 ‘새로 과세’하는 절차라기보다, 1년 동안 발생한 소득을 기준으로 세액을 최종 확정(정산)하는 절차에 가깝습니다.

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1) 원천징수된 세금은 ‘확정세액’이 아니라 ‘선납(잠정) 성격’이다

프리랜서·인적용역은 거래처에서 3.3%를 공제한 뒤 지급되는 경우가 많습니다.
근로소득자도 매달 급여 지급 시 소득세가 원천징수됩니다.

하지만 원천징수는 개인별로 다음 요소를 충분히 반영하기 어렵습니다.

• 한 해 동안 다른 소득이 추가로 있었는지
• 사업소득이라면 필요경비가 어느 정도인지
• 각종 공제·감면이 어느 정도 적용되는지
• 소득이 합산될 때 누진세율 적용 결과가 어떻게 달라지는지

즉, 원천징수는 편의상 일정 비율로 ‘먼저 걷어두는 방식’이고, 종합소득세 신고에서 그 결과를 연간 기준으로 다시 계산해 확정하는 구조입니다.

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2) 종합소득세는 ‘연간 단위’로 합산해 최종 세액을 확정한다

종합소득세는 이름 그대로, 1년 동안의 소득을 합산해 판단합니다.
사업소득이든 기타소득이든, 다른 소득이 추가로 있든, 연간 단위로 합쳐져 과세표준 → 세율 적용 → 산출세액이 결정됩니다.

사업자·프리랜서가 특히 헷갈리는 지점은 여기입니다.
부가가치세는 거래 흐름(매출·매입)에 초점이 있고, 종합소득세는 실제 소득(수입금액 – 필요경비)과 공제 구조에 따라 결과가 크게 달라집니다.

이 “소득세 전체 구조(연말정산·종소세가 왜 연결되는지)”를 먼저 잡아두면, 5월 신고가 왜 반복되는지 이해가 빨라집니다.
→ 관련 글: 소득세 구조 완전정리 ― 연말정산·종소세가 하나로 연결되는 이유
https://youngtax.tistory.com/182

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3) 이미 납부한 세금은 ‘중복 납부’가 아니라 ‘정산 재료’로 처리된다

5월 종합소득세에서 가장 중요한 포인트는, “이미 낸 세금이 사라지는가?”가 아닙니다.
원천징수된 소득세, 중간예납 등은 최종 산출세액에서 차감됩니다.

• 미리 낸 세금이 부족하면 → 추가 납부
• 미리 낸 세금이 많으면 → 환급

따라서 5월 신고는 “또 내는 세금”이 아니라, 연간 기준으로 확정하면서 이미 납부한 세금을 정리하는 과정으로 보는 것이 정확합니다.

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4) 신고를 미루면 문제는 ‘세금’보다 ‘정리 방식’에서 커진다

종합소득세 신고를 하지 않는다고 해서 소득이 사라지는 구조는 아닙니다.
지급명세서, 카드·계좌 흐름 등은 다양한 방식으로 자료가 쌓입니다. 결국 시간이 지나면 무신고/과소신고 정리로 이어지고, 이때는 세액 자체보다 가산세·납부지연 부담이 함께 발생하는 형태가 많습니다.

신고가 늦어졌거나 누락이 있었다면, 상황별로 수정신고·기한후신고·경정청구 중 무엇이 맞는지부터 정리해야 비용이 줄어듭니다.
→ 관련 글: 종합소득세 신고 누락·오류 해결 가이드― 수정신고·기한후신고·경정청구 완전정리 (2025 최신)
https://youngtax.tistory.com/96

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정리

• 원천징수(3.3%, 급여 원천징수)는 확정세액이 아니라 선납 성격
• 종합소득세는 연간 소득을 합산해 최종 세액을 확정
• 이미 납부한 세금은 중복 납부가 아니라 차감(정산) 대상
• 신고가 늦어지면 세금 자체보다 정리 방식(가산세 포함)에서 손해가 커질 수 있음