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사원에게 주택을 저가로 분양하면 세무조사 나오나요?— 특수관계인 거래로 보는 이유와 과세 구조 본문

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사원에게 주택을 저가로 분양하면 세무조사 나오나요?— 특수관계인 거래로 보는 이유와 과세 구조

양재동세무사 2026. 2. 10. 10:12

사원에게 주택을 시가보다 낮게 분양한 경우, 세무조사에서는 이 거래를 특수관계인과의 저가 거래로 보는지부터 검토합니다.

복지 목적이었는지 여부는 참고사항일 뿐, 과세 판단의 기준이 되지는 않습니다.

 

 

1️⃣ 세무조사는 ‘복지’가 아니라 거래 구조를 봅니다

회사 입장에서는 “직원 복지 차원에서 싸게 준 것”일 수 있습니다.

하지만 세무조사는 그 의도를 거의 보지 않습니다.

대신 다음 두 가지만 확인합니다.

  1. 거래 상대방이 특수관계인인지
  2. 시가보다 낮은 거래로 법인의 소득이 줄었는지

이 구조가 성립하면, 세무서는 거래 명칭과 무관하게 부당행위계산 부인을 검토합니다.

법적 근거는 「법인세법」 제52조입니다.
특수관계인과의 거래로 법인의 조세 부담을 부당하게 감소시킨 경우, 행위의 형식과 관계없이 시가 기준으로 소득을 다시 계산할 수 있도록 규정하고 있죠.


2️⃣ 사원은 세법상 특수관계인이 될 수 있습니다

여기서 가장 많이 나오는 질문이 이겁니다.

“사원도 특수관계인인가요? 가족도 아니고 주주도 아닌데요.”

 

하지만 세법에서 말하는 특수관계인은 가족에 한정되지 않습니다.

  • 법인의 임원
  • 법인의 사용인
  • 법인의 경영에 경제적으로 연결된 자

사원은 원칙적으로 법인의 사용인에 해당합니다.

그래서 사원에게 시가보다 낮게 분양했다면, 세법상으로는 특수관계인 간 저가 거래가 됩니다.


3️⃣ 과세는 보통 한 번으로 끝나지 않습니다

이 사안이 세무조사로 이어지면, 과세는 대체로 두 갈래로 진행됩니다.

 

(1) 법인 단계: 부당행위계산 부인

 

세무서는 정상 분양가(시가)와 사원 분양가의 차이를 계산합니다.

그리고 그 차액을 법인이 얻었어야 할 소득으로 봅니다.

즉, 실제로 남긴 이익이 없더라도 “시가대로 팔았어야 한다”는 논리로 법인소득을 다시 계산하는 구조입니다.

이 부분은 실제 조사에서도 비교적 다툼 없이 정리되는 경우가 많습니다.


(2) 사원 개인 단계: 상여로 과세

 

사원 입장에서는 시가보다 싸게 취득함으로써 경제적 이익을 얻게 됩니다.

세무조사에서는 이 차액을 회사로부터 받은 상여로 보고, 「소득세법」 제20조에 따라 근로소득으로 과세하는 경우가 일반적입니다.

결과적으로 법인에는 법인세. 사원에게는 근로소득세 동시에 발생할 수 있습니다.


4️⃣ 왜 이 유형은 세무조사에서 잘 걸릴까?

이 사안은 조사 실무상 특징이 분명합니다.

  • 분양계약서, 분양가표 등 가격 자료가 명확
  • 동일 단지 일반분양가와 비교 가능
  • 사원 명부로 특수관계인 입증이 쉬움

즉, 조사관 입장에서 과세 논리를 만들기 어렵지 않은 구조입니다.

실제로 “당시에는 문제없다고 생각했는데 몇 년 뒤 조사에서 한꺼번에 나왔다”는 사례가 많습니다.


5️⃣ 일반인에게 저가 분양한 경우와는 다릅니다

같은 저가 분양이라도 상대방이 특수관계인이 아닌 일반인이라면 이야기가 달라집니다.

회사가 손해를 보고 팔았더라도 그 자체는 경영상 판단으로 봅니다.

결국 이 문제의 핵심은 항상 ‘누구에게 팔았느냐’입니다.


6️⃣ 실무적으로 정리해보면

사원에게 주택을 저가로 분양한 경우,복지 목적만으로는 충분하지 않고 시가 대비 차이, 내부 기준, 거래 구조가 함께 검토됩니다.

특수관계인 거래로 판단되면

  • 법인에는 「법인세법」 제52조에 따른 부당행위계산 부인
  • 사원에게는 「소득세법」 제20조에 따른 근로소득 과세

가 이어질 수 있습니다.

그래서 이 유형은 사후 대응보다 사전 설계가 훨씬 중요한 거래입니다.
실제 상담에서도 “처음부터 구조를 봤어야 했다”는 말을 가장 많이 듣는 케이스이기도 하고요.


✔ 마무리 코멘트

사원 저가분양은 의도와 무관하게 거래 구조로 판단됩니다.

복지냐 특혜냐를 따지기 전에, 세법이 어떤 시각으로 이 거래를 보는지부터 한 번은 짚고 가야 하는 이유입니다.

 

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