벤처기업 스톡옵션 세금, 이렇게 달라집니다 ― 비과세 요건부터 행사 전략까지 실무해설

스톡옵션은 회사가 직원에게 제공하는 대표적인 장기 보상수단입니다.
회사가 성장할수록 옵션의 가치도 함께 오르기 때문에, 행사 시점에 상당한 이익을 얻는 사례도 어렵지 않게 볼 수 있습니다.

하지만 기대가 큰 만큼 부담도 큽니다.

행사와 동시에 발생하는 ‘과세’ 문제 때문입니다.
옵션을 행사하는 순간, 시가와 매수가액의 차이가 전부 소득으로 계산되기 때문에 세금 규모가 예상보다 크다고 느끼는 분들이 많습니다.

 

그렇다고 해서 스톡옵션 행사이익이 모두 동일하게 과세되는 것은 아닙니다.
기업의 성격, 부여 시점, 행사 시기, 적용 가능한 특례에 따라 세부담은 크게 달라질 수 있습니다.

특히 벤처기업 스톡옵션은 비과세·분할납부·과세이연이라는 세 가지 제도를 통해 세금을 줄이거나 나누거나 뒤로 미루는 방식이 모두 가능하기 때문에 사전 검토만 제대로 이루어진다면 부담을 크게 낮출 수 있습니다.

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1️⃣ 스톡옵션 행사이익의 기본 구조

스톡옵션의 행사이익은 매우 단순합니다.
행사 시점의 시가가 매수가액보다 높으면, 그 차이만큼이 소득이 됩니다.

 

예를 들어 행사 당시 시가 1만 원, 매수가액 1천 원이면 주당 9천 원이 행사이익입니다.
행사 주식 수가 많다면 이 금액은 쉽게 수천만 원으로 커질 수 있습니다.

이 이익은 근로소득 또는 기타소득으로 과세되며, 원칙적으로 회사가 행사 시점에 원천징수합니다.

 

요지
➡️ 기본 구조는 단순하지만, 이후 어떤 특례가 적용되는지에 따라 세금 규모가 완전히 달라진다.

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2️⃣ 벤처기업 스톡옵션은 ‘비과세’ 가능성부터 본다

스톡옵션에 대한 첫 번째 판단은 “비과세 요건에 해당하는가?”입니다.

 

「조세특례제한법」 제16조의2는 벤처기업 스톡옵션에 대해 연간 2억 원, 동일 기업 기준 누적 5억 원까지 비과세하도록 규정합니다.

다만, 적용 조건이 몇 가지 있습니다.

• 2027년 12월 31일 이전 부여분일 것
• 벤처기업 또는 벤처기업이 30% 이상 지분을 가진 피인수기업일 것
• 부여 절차가 「벤처기업육성 특별법」 또는 상법상 적법할 것

요건을 충족하면 비과세 범위 안에서는 행사이익 자체가 과세되지 않습니다.

또 회사가 국세청에 비과세 명세서를 제출해야만 최종적으로 인정됩니다.

 

요지
➡️ 벤처기업 스톡옵션이라면 비과세 여부가 첫 번째 판단 포인트다.

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3️⃣ 비과세 한도를 초과한다면 ‘분할납부’ 여부를 검토한다

행사이익이 비과세 한도를 넘어가게 되면 해당 초과분은 과세됩니다.
이때 과세된 금액이 너무 크다면, 분할납부 특례(조특법 제16조의3)를 고려할 수 있습니다.

 

분할납부는 행사 시점의 원천징수를 생략하고, 종합소득세 신고 시 전체 세액의 1/5만 납부한 뒤 남은 금액을 4년 동안 나누어 납부하는 방식입니다.

 

다만 적용을 위해서는 아래 요건을 챙겨야 합니다.

• 행사한 다음 달 5일까지 회사에 신청할 것
• 반드시 주식으로 받은 경우에만 적용 가능
• 신청서와 관련 명세서는 회사가 보관·제출

요지
➡️ 세금이 크다면, ‘바로 내는 것’이 아니라 ‘나눠 내는 것’이 실무 대안이 된다.

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4️⃣ 행사 자체를 과세하지 않는 방식도 존재한다 ― ‘과세이연’

분할납부가 “세금을 나누어 내는 방식”이라면, 과세이연(조특법 제16조의4)은 “당장 과세를 하지 않는 방식”입니다.
즉, 행사 시점에는 과세되지 않고, 주식을 매도하는 시점에 양도소득세로 과세됩니다.

 

하지만 과세이연은 요건이 상당히 엄격합니다.

• 2027년 12월 31일 이전 부여된 벤처기업 스톡옵션
• 행사 전 전용계좌 개설 및 사전신고
• 주주총회 결의 요건 충족
• 재직기간 2년 이상
• 기타 시행령상 요건 충족

또 행사 후 1년 이내 매도하거나 전용계좌 관리가 제대로 되지 않으면 과세이연이 취소되어 다시 소득세 과세가 이루어집니다.

 

요지
➡️ 과세이연은 큰 절세 효과가 가능하지만, 요건 충족과 사후 관리가 매우 중요하다.

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5️⃣ 행사 전 반드시 점검해야 할 실무 체크포인트

스톡옵션 특례는 ‘제도 요건’과 ‘행정 절차’가 동시에 중요합니다.
한 가지라도 누락되면 특례 적용이 불가능합니다.

 

실무에서는 보통 다음 순서로 점검합니다.

 

(1) 부여 요건 → 벤처기업 스톡옵션에 해당하는가?

(2) 비과세 가능성 → 연간·누적 한도 내에 있는가?

(3) 분할납부 필요성 → 초과분이 크다면 납부 방식 선택

(4) 과세이연 가능성 → 요건 충족·사전신고·전용계좌 여부 확인

(5) 회사 제출 서류 누락 여부 → 명세서 제출은 회사 책임

(6) 행사 후 주식 매도 계획 → 이연 취소 요건에 해당되는지 검토

 

스톡옵션은 “행사한 순간에 모든 것이 결정된다”는 점에서 행사 전에 구조를 충분히 검토하는 것이 가장 중요합니다.

 

요지
➡️ 제도 자체보다 절차 누락으로 혜택을 못 받는 사례가 많다.

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6️⃣ 정리하며

스톡옵션은 인센티브 성격이 강하지만, 동시에 세금 부담도 큽니다.
다만 2025년 기준으로 보면 벤처기업 스톡옵션은 비과세·분할납부·과세이연 등 다양한 선택지가 마련되어 있어

적절한 제도를 선택하면 세 부담을 획기적으로 줄일 수 있습니다.

 

결국 스톡옵션의 세금은 ‘어떤 옵션을 받았는가’, ‘요건을 충족하는가’,
‘언제 행사하는가’, ‘주식을 언제 매도할 것인가’에 따라 달라집니다.

행사 전에 구조를 꼼꼼히 점검해 두면 스톡옵션은 단순히 세금을 유발하는 소득이 아니라
장기적인 자산 형성의 기회가 될 수 있습니다.

 

 

 

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