1세대 1주택 비과세 완전정리 ― 사례로 배우는 핵심 구조(2025년)

 

부동산 양도소득세에서 가장 강력한 혜택은 단연 1세대 1주택 비과세입니다.
그런데 실제 상담을 해보면 “집 한 채만 팔면 비과세 아닌가요?”라는 반응이 많지만, 현실은 그렇게 단순하지 않습니다.

 

보유기간, 거주기간, 양도가액, 조정대상지역 여부, 재건축 등 다양한 요소가 얽히면 같은 사례라도 결론이 달라질 수 있습니다.
아래에서는 2025년 현재 기준으로, 실무에서 자주 나오는 사례를 중심으로 비과세 구조를 쉽고 자연스럽게 정리해보겠습니다.

 

1️⃣ 기본 원칙 ― ‘양도일 현재 1주택 + 2년 보유’

1세대 1주택 비과세의 기준은 「소득세법」 제89조 제1항 제3호입니다.

• 양도일 현재 국내 1주택 보유
• 보유기간 2년 이상

단, 해당 주택을 조정대상지역에서 취득했다면 보유 2년만으로는 부족하고 거주 2년 요건이 추가됩니다.

즉,

• “보유 2년”은 전국 공통
• “거주 2년”은 조정대상지역 취득분에만 적용

이 구조만 이해해도 절반은 정리됩니다.

또 하나 중요한 점은 고가주택 규정입니다.
12억 원을 초과하는 주택은 초과분만 과세되는 구조라, 전액 과세되는 것은 아니라는 점에서 오해가 많은 영역입니다.

 

2️⃣ 사례 1 ― “14억 원에 팔면 전액 과세인가요?”

상황

• 2012년 취득 → 2025년 양도
• 양도가액 14억 원
• 다른 주택 없음
• 조정대상지역 거주요건 충족

이 경우 많은 분들이 “고가니까 전부 과세겠네?”라고 생각합니다.
하지만 고가주택이라고 해도 12억 원 초과분에 해당하는 안분 비율만 과세됩니다.

과세대상 양도차익 = 전체 양도차익 × (양도가액 – 12억) ÷ 양도가액

 

예를 들어
전체 양도차익이 4억 원이면  4억 × (14억 − 12억) ÷ 14억 ≈ 5,714만 원만 과세대상입니다.

여기에 장기보유특별공제와 기본공제를 적용하면 실제 세금은 더 줄어듭니다.

 

실무 포인트

• 12억 원 기준은 “양도일 기준 실지거래가액”
• 부수토지 전체 금액 포함
• 장기보유특별공제는 최대 80% 적용 가능 (보유+거주 합산)
• 조정대상지역 취득 주택은 거주 2년 충족이 핵심

실제로 상담하면 “고가니까 다 과세되는 줄 알았다”는 분들이 의외로 많습니다.

 

3️⃣ 사례 2 ― “보유기간만 오래하면 되나요?” (조정지역 거주요건 분쟁)

상황

• 2018년 서울 조정대상지역 아파트 취득
• 2025년 양도
• 보유는 7년이지만 실제 거주는 2년 미만

이 경우 비과세 불가입니다.

근거는 「소득세법 시행령」 제155조 제1항. 조정대상지역에서 취득한 주택은 보유 2년 + 거주 2년을 모두 충족해야 합니다.

여기서 중요한 기준은 ‘취득 당시’입니다.

정리하면 아래와 같습니다.

• 취득 당시 비(非)조정 → 이후 조정지역 지정돼도 거주요건 없음
• 취득 당시 조정지역 → 이후 해제돼도 거주요건 그대로 유지
• 다만, 2017.8.3. 이전 계약 + 계약금 지급 완료 시 “종전 규정 적용” → 이 경우 거주요건 면제 가능

실무 코멘트
거주는 단순 전입신고만으로 인정되지 않습니다.
관리비·전기·가스·우편물·학교 재학증명 등 국세청에서 실제 거주 입증자료를 요구하는 경우가 있습니다.

 

4️⃣ 사례 3 ― “재건축하면 보유기간은 어떻게 되나요?”

재건축·재개발은 비과세 요건을 헷갈리게 만드는 대표적 분야입니다.

 

상황 가정

• 1995년 단독주택 취득
• 2023년 멸실 → 재건축 진행
• 2025년 사용승인 → 2026년 양도

이 경우 많은 분들이 “멸실되면 보유기간이 끊기는 것 아닌가요?”라고 묻습니다.

 

하지만 그렇지 않습니다.

「소득세법 시행령」 제154조 제8항 제1호에 따르면,거주하거나 보유하는 중에 소실·노후 등으로 인해 멸실되어 재건축한 주택은 멸실 전 주택과 재건축 후 주택의 보유기간·거주기간을 모두 통산합니다.

즉, 재건축 과정에서 일시적으로 건물이 사라지는 기간이 있더라도 ‘사업으로 인한 일시적 공백’ 때문에 보유기간이 끊기지는 않습니다. 즉, ‘사업으로 인한 일시적 공백’은 보유기간을 끊지 않습니다.

 

다만 예외가 있습니다.

재건축 과정에서 청산금으로 부수토지가 증가했다면, 증가한 부분은 사용승인일부터 새로 보유기간을 계산합니다.

 

실무 관리 포인트

다음 일정은 반드시 기록·보관해야 합니다.

• 정비구역 고시일
• 관리처분계획 인가일
• 신축주택 사용승인일
• 입주일·등기일
• 조합원 지위 승계, 권리가액, 청산금 내역

이 자료가 있어야 보유·거주기간 합산 판단이 가능합니다.

 

 참고 : ‘재기산 규정’은 이미 폐지

과거에는 “최종 1주택만 남은 날부터 보유기간을 다시 계산”하는 규정이 있었지만, 2022년 5월 10일 양도분부터 전면 폐지되었습니다. 지금은 무조건 최초 취득일부터 보유기간 계산입니다.

 

5️⃣ 최종 체크리스트 (2025년 기준 정리)

✔ 고가주택

• 12억 원 초과분만 과세. 전체 과세 아님.

 

✔ 거주요건

• 조정대상지역 취득 → 보유 2년 + 거주 2년
• 비조정지역 취득 → 보유 2년만 충족하면 비과세

 

✔ 경과규정

• 2017.8.3. 전 계약 + 계약금 지급 완료 → 거주요건 면제 가능

 

✔ 재건축·재개발

• 보유·거주기간 통산
• 부수토지 증가분은 사용승인일부터 계산

 

✔ 증빙 관리

• 계약서
• 잔금·계약금 이체내역
• 전입 및 실거주 자료
• 재건축 일정표
• 사용승인·등기자료
  이런 자료가 결국 비과세를 좌우합니다.

 

6️⃣  “비과세는 구조를 이해하면 훨씬 쉬워집니다”

 

1세대 1주택 비과세는 단순히 “집 한 채면 비과세”가 아닙니다.
취득 당시 지역, 보유·거주기간, 재건축 여부, 고가주택 안분 계산 등 세부 요건의 조합으로 판단됩니다.

특히 실무에서는 서류보다 ‘경제적 실질’이 훨씬 중요하게 평가됩니다.
따라서 아래 세 가지는 항상 기억하는 게 좋습니다.

1. 취득·양도일 근거자료는 반드시 확보
2. 거주요건은 “실제 거주” 중심으로 판단
3. 고가주택은 안분 계산으로 세금이 크게 줄 수 있음

이 세 가지만 관리해도 세무조사 리스크와 과세 리스크는 크게 줄어듭니다.
결론적으로, 1세대 1주택 비과세의 핵심은 기준 시점 + 실거주 입증 + 고가 안분 계산입니다.

 

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