보유기간 기준 총정리 ― 취득일·양도일에 따라 세금이 완전히 달라집니다

부동산 양도소득세를 계산할 때 가장 중요한 요소 중 하나가 바로 보유기간입니다.
많은 분들이 “언제 취득한 것으로 보고, 언제 양도한 것으로 보나요?”라고 질문하시는데요.
보유기간은 단순한 시간 계산이 아니라 세율·장기보유특별공제·1세대1주택 비과세 여부까지 결정하는 핵심 기준입니다.
실무에서는 이 ‘1일 차이’ 때문에 수천만 원 단위의 세금 차이가 나는 경우가 정말 많습니다.

 

오늘은 실제 분쟁사례와 함께, 취득일·양도일의 법적 기준, 보유기간 판단 구조, 세금 영향을 단계별로 풀어보겠습니다.

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1️⃣ 실제 분쟁 사례 ― 증빙 부족이 낳은 단기양도 판정

A씨는 1990년대 중반 임야를 취득했습니다.
문제는 시간이 지나면서 계약서와 영수증 등 증빙이 모두 분실됐다는 점이었습니다.
남아 있는 증빙은 등기부등본의 소유권 이전 등기 접수일 하나뿐이었습니다.

A씨는 나중에 해당 임야를 매도하면서 양도세 신고를 했는데, 양도가액과 취득가액을 ‘동일하게 적어 양도차익이 없는 것처럼’ 신고했습니다.
이런 방식은 실무에서 종종 보이는데, 결론적으로는 가장 위험한 신고 패턴입니다.

이후 새 매수인이 정상적으로 취득가액을 신고하자, 세무서는 그 자료를 근거로 A씨의 허위 신고를 적발했습니다.

 

여기서 세무서가 본 것은 크게 두 가지였습니다.

① 취득일 증빙 없음 → 등기 접수일이 취득일

② 양도일은 잔금일 기준 → 보유기간 2년 미만

 

결국 A씨는 단기양도에 해당하여 60% 세율이 적용되었고, 허위 신고로 인해 부정행위(제척기간 10년)까지 인정되었습니다.

 

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2️⃣ 보유기간이 중요한 이유 ― 세율·공제·비과세 모두 직결

보유기간은 단순히 “얼마나 오래 가졌나?”를 따지는 개념이 아닙니다.
아래 세 가지 판단이 모두 보유기간에서 출발합니다.

 

① 양도세 세율

2025년 기준:

• 1년 미만: 최대 70%
• 2년 미만: 60%
• 2년 이상: 기본세율(6~45%)

단순히 ‘며칠 차이’로 세율이 45%와 60%로 갈리는 경우도 있습니다.

 

② 장기보유특별공제

• 3년 이상부터 공제 시작
• 10년 보유 시 최대 30% 공제

단기 보유면 장특공제 자체가 적용되지 않습니다.

 

③ 1세대 1주택 비과세

• 보유 2년 이상
• 조정지역 취득 주택이라면 거주 2년 요건도 추가

따라서 취득일과 양도일을 잘못 잡으면 비과세보다 더 앞 단계에서 요건 탈락 → 전액 과세가 발생합니다.

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3️⃣ 취득일·양도일의 법적 기준 ― 「소득세법」 제98조 + 시행령 제162조

 

취득일·양도일은 세법에 명확하게 규정되어 있습니다.

 

🔹 법령 1: 「소득세법」 제98조

대금 청산일(잔금일)을 취득일·양도일로 본다.

즉, 계약일이 아니라 잔금을 지급·수령한 날이 기준입니다.

 

🔹 법령 2: 「소득세법 시행령」 제162조 (보충 규정)

 

잔금일이 불분명하거나 증빙이 부족할 때 적용됩니다.

핵심 규정만 정리하면 아래와 같습니다.

• 잔금일 미확인 → 등기·등록 접수일 또는 명의개서일
• 등기 접수일이 잔금일보다 빠른 경우 → 등기 접수일
• 자가 건축 → 사용승인일 또는 사실상 사용일
• 상속 → 상속개시일
• 증여 → 증여일
• 수용 → 청산일·수용개시일·등기일 중 빠른 날
• 환지(도시정비) → 종전 토지의 취득일 승계

즉, 거래 증빙이 부족하면 등기일로 판단될 위험이 높고, 이렇게 되면 보유기간이 짧게 잡혀 단기양도 판정으로 이어집니다.

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4️⃣ 법원 판단 — 증빙 없는 경우 ‘등기일’이 기준

A씨 사건에서 법원의 판단은 명확했습니다.

 

✔ 취득일

• A씨는 “1994년에 잔금을 지급했다”고 주장
• 그러나 증빙 없음 → 인정 안 함
• 결과적으로 등기 접수일(1996.9.14.)을 취득일로 인정

✔ 양도일

• 매매계약일이 아니라 잔금일(1997.4.30.) 기준

✔ 보유기간

약 1년 7개월 → 2년 미만 단기양도

즉, 증빙이 없다면 등기일이 취득일로 인정되며, 이는 2년 보유 여부를 완전히 뒤집는 결과를 초래합니다.

 

 

5️⃣ 제척기간 쟁점 — 허위 신고라면 10년까지 추징 가능

A씨는 “양도 후 10년이 지났으니 제척기간이 지났다”고 주장했지만, 과세관청은 허위 신고를 근거로 부정행위라고 판단했습니다.

 

「국세기본법」 제26조의2 – 제척기간

• 일반: 5년
• 무신고: 7년
• 부정행위(허위신고 포함): 10년
• 역외거래: 15년

따라서 A씨는 10년 제척기간 내에서 과세받았고, 처분은 정당했습니다.

 

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6️⃣ 실무에서 꼭 챙겨야 할 포인트

정리하면, 보유기간은 다음 세 가지가 핵심입니다.

 

 ① 취득·양도일 증빙 보관이 절대적

• 계약서
• 잔금 이체 내역
• 세금계산서
• 공사대금 영수증
  → 증빙이 없으면 등기일로 자동 치환되어 불리한 판정

② 허위신고는 장기 리스크

• 단순 누락이 아니라 부정행위로 판단될 가능성
• 제척기간 10년 적용
• 납부불성실가산세(일 0.022%)로 추징액 급증

③ 잔금일 하루 차이로 세율이 달라진다

주말·공휴일 일정 조정만으로도 “1년 11개월 → 2년 0개월”이 되는 사례가 실제로 존재합니다.

👉 실무 조언: 계약 단계에서 잔금일·등기일을 미리 세무캘린더처럼 관리해야 합니다.

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7️⃣ 1세대 1주택 비과세와의 연결

보유기간은 곧 비과세 가능성을 판정하는 기준이기도 합니다.

 

비과세 요건

• 보유 2년 이상
• 조정대상지역 취득분은 거주 2년 추가

취득일 증빙이 부족하거나 잔금일을 제대로 입증하지 못하면 보유기간이 2년 미만으로 판단되어 비과세 요건 자체가 성립하지 않을 수 있습니다.

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8️⃣ 마무리 — “증빙 한 장이 세금을 바꾼다”

이번 사례는 다음 사실을 명확하게 보여줍니다.

• 보유기간은 세금의 기초이자 핵심
• 취득·양도일을 입증하지 못하면 등기일 기준으로 단기양도 처리
• 허위신고는 10년 동안 추징 가능
• 잔금일 일정 관리가 절세 전략의 시작점

결국 양도세 실무에서 가장 큰 위험은 ‘복잡한 계산’이 아니라 증빙 관리 부실입니다.
부동산을 오래 보유하셨다면, 지금이라도 취득·양도 관련 자료를 안전하게 정리해두는 것이 가장 확실한 절세입니다.

 

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