입주권→준공→거주 흐름이면 비과세? 재건축 대체주택 실제 사례로 본 적용 기준

재건축과 재개발은 도심에서 흔한 주거 이동 과정이지만, 세법에서는 여전히 가장 복잡한 분야 중 하나입니다.
특히 기존 주택이 철거되며 조합원입주권으로 전환될 때, 양도소득세에서는 “이것을 주택으로 볼 것인가, 권리로 볼 것인가”라는 문제가 반복적으로 발생합니다.

여기에 재건축 기간 동안 마련한 대체주택을 나중에 팔 때 비과세가 가능한지까지 더해지면, 실무에서는 거의 매년 분쟁이 발생할 정도로 자주 다뤄지는 쟁점이 됩니다.

 

오늘은 2025년 기준 최신 법령(소득세법 시행령 제156조의2)과 실제 국세심판원 사례를 기반으로,
입주권 + 대체주택 비과세의 성립 요건을 깊이 있게 정리한 완전판을 소개합니다.

---

1️⃣ 사건의 배경 ― 입주권, 철거, 그리고 ‘거주 실질’

A씨는 오랫동안 보유한 아파트가 재건축에 들어가 기존 건물이 철거되고, 조합원입주권을 부여받았습니다.
그런데 재건축 과정은 길고 불확실합니다. 단기간에 끝나는 사업이 거의 없기 때문에 A씨도 재건축 기간 동안 거주할 집이 필요했습니다.

그래서 A씨는 다른 단지의 조합원입주권(준공 임박 상태)을 매수했고, 준공 후 이 주택에서 3년 이상 실제 거주했습니다. 이후 원래 재건축된 아파트가 완공되자 다시 입주해 1년 이상 거주했고, 그 뒤 대체주택을 양도했습니다.

여기서 핵심은 명확합니다.

“입주권을 통해 취득한 대체주택을 팔 때도 1세대 1주택 비과세가 가능한가?”

 

이 구조는 실제 현장에서 굉장히 많이 등장하는 케이스입니다.
재건축이 길어지면서 입주권 → 아파트 → 실제 거주 → 원래 집 복귀 → 대체주택 판매 흐름이 자연스럽게 생기기 때문입니다.

---

2️⃣ 과세관청의 판단 ― “입주권은 주택이 아니다”

세무서는 비과세를 부인했습니다.

“입주권은 주택이 아니라 ‘권리’이므로 대체주택 요건의 ‘주택 취득’에 해당하지 않는다.”

세무서가 이렇게 주장한 배경에는 과거 세법 구조가 영향을 미쳤습니다.

 

실제로 2005년 12월 31일까지는 입주권이 주택으로 인정되지 않았고, 주택 수에 포함되지도 않았습니다.

따라서 “입주권을 취득했으니 새로운 주택을 취득한 것”이라고 보지 않았던 것입니다.

하지만 이 해석은 입주권이 아파트로 완공되어 실제 거주가 이루어진 이후의 실질을 전혀 반영하지 못한다는 한계가 있었습니다.

---

3️⃣ 국세심판원의 결론 ― “완공 후 실제 거주했다면 주택으로 본다”

심판원은 세무서와 반대로 납세자의 손을 들어주었습니다.

핵심 판단은 다음과 같습니다.

“입주권이 취득 시점에 권리 형태였더라도, 아파트로 완성되고 실제 거주가 이루어졌다면 이는 주택 취득과 동일하게 평가해야 한다.”

 

즉, 심판원은 형식보다 실질을 우선했습니다.
입주권이라는 명목보다 완공 → 주택 → 실제 거주라는 실체가 더 중요하다는 의미입니다.

이후 심판원은 대체주택 비과세의 법적 요건을 하나씩 검토했습니다.

• 사업시행인가 이후 대체주택 취득 → ✔
• 대체주택에서 1년 이상 거주 → ✔
• 원래 재건축 주택 완공 후 3년 이내 복귀 + 1년 이상 거주 → ✔
• 대체주택을 완공 전 또는 완공 후 3년 이내 양도 → ✔

모든 요건이 충족되었기 때문에 1세대 1주택 비과세 인정이 가능하다는 결론이 나왔습니다.

결과적으로 A씨는 이미 납부한 양도세를 돌려받을 수 있었습니다.

---

4️⃣ 법령의 큰 전환점 ― 2006년부터 입주권도 ‘주택 수’에 포함

이 사례를 이해하는 데 가장 중요한 지점은 2006년 법 개정입니다.

 

시기	입주권 취급	비과세 영향
2005.12.31까지	주택 아님	대체주택 비과세 인정 폭 넓음
2006.01.01부터	주택으로 간주	입주권 보유 = 주택 1채 보유

즉, 2006년 이후에는 입주권을 보유하면 이미 주택 1채를 가진 것으로 보므로, 입주권 + 대체주택을 동시에 보유한 시점은 기본적으로 2주택이 됩니다.

그런데 예외가 있습니다.
바로 소득세법 시행령 제156조의2 제5항(대체주택 비과세)입니다.

이 요건을 충족하면 입주권 + 대체주택 동시 보유 상태라도 비과세가 가능합니다.

---

5️⃣ 2025년 기준 ― 대체주택 비과세 요건

아래는 법령 그대로의 3가지 요건입니다.

---

1) 사업시행인가 이후 대체주택 취득 + 1년 이상 거주

• 반드시 사업시행인가 후에 취득해야 함
• 1년 이상 실거주 필요
• 전입만 해놓고 실제로 거주하지 않으면 요건 불충족

2) 재건축 주택 완공 후 3년 이내 원래 집 복귀 + 1년 이상 거주

“완성된 후 3년 이내 세대전원이 이사하여 1년 이상 계속 거주”

• 사용승인일(준공일) 기준
• 3년 이내 복귀
• 복귀 후 1년 이상 실거주

 

3) 재건축 주택 완공 전 또는 완공 후 3년 이내 대체주택 양도

대체주택 양도 시점도 “3년” 규정입니다.

• 완공 전에 팔아도 OK
• 완공 후에는 3년 이내 양도해야 함
• 잔금일 또는 등기일 중 빠른 날 기준

4) 실무 코멘트

대체주택 비과세는 정확히 정리하면 다음 구조입니다.

“대체주택 1년 거주 → 원래 집 3년 이내 복귀 + 1년 거주 → 대체주택 3년 이내 양도”

 

 

6️⃣ 실무자가 반드시 챙겨야 할 핵심 체크리스트

 

✔ 실거주 증빙 필수

• 관리비 내역
• 택배·우편물 수령 기록
• 입주 초기 생활 사진
• 차량 출입 기록
• 공과금 사용량

요즘은 국세청도 생활 패턴 데이터까지 활용하기 때문에 “전입 = 거주”로 보지 않습니다.

 

✔ 날짜 5개 반드시 정리

• 사업시행인가일
• 대체주택 취득일
• 신축주택 사용승인일(준공일)
• 원래 집 복귀일
• 대체주택 양도일

날짜 하나만 어긋나도 비과세는 부인될 수 있습니다.

 

✔ 복귀 주택은 반드시 ‘재건축된 원래 집’이어야 함

다른 집으로 이사하면 요건 충족 안 됨.

7️⃣ 비과세가 어려운 상황(심판례 기반)

• 사업시행인가 전에 대체주택을 사둔 경우
• 대체주택에서 거주하지 않고 임대만 준 경우
• 준공 후 3년을 넘겨 양도한 경우
• 원래 집으로 돌아가지 않고 다른 곳으로 이사한 경우
• ‘서류상 전입’만 하고 실제 거주가 없는 경우

최근 추세는 실거주 실질 검증 강화 → 비과세 부인 증가입니다.

---

8️⃣ 최종 정리 ― 핵심은 “형식이 아니라 실질”

입주권은 법적으로 권리지만, 그 권리가 주택으로 완성되고 실제 거주가 이루어졌다면 주택과 동일하게 취급됩니다.

따라서 절세 전략의 핵심은 다음 세 가지입니다.

1. 대체주택 1년 실거주
2. 원래 집 3년 내 복귀 + 1년 거주
3. 대체주택 3년 이내 양도

이 세 가지가 충족되면 입주권을 포함한 재건축 구조에서도 1세대 1주택 비과세를 온전히 적용할 수 있습니다.

 

👨‍👩‍👧 가족 간 거래, 신고를 잘못하면 예상치 못한 세금이 나올 수 있습니다.
📘 실제 사례와 법령 근거를 토대로 ‘증여·양도 시 세금 구조’를 실전 중심으로 해설했습니다.
👉 https://buly.kr/CWuXU0o

 

 

📚 함께 보면 좋은 글
직접 경작한 농지, 팔면 양도소득세를 감면받을 수 있을까?
일시적 2주택·농어촌·고향·상생임대 특례까지
기존 주택을 철거하면 1세대 1주택 비과세가 될까?