과점주주 간주취득세 완전정리 ― 주식만 사도 취득세가 부과되는 이유

비상장법인 주식을 인수했을 뿐인데 갑자기 취득세 고지서를 받는 경우가 있습니다.
바로 ‘과점주주 간주취득세’ 때문입니다.

 

명의만 주식일 뿐 실제로는 법인의 부동산과 차량을 일부 취득한 것으로 보겠다는 규정인데요.
실무에서도 납세자들이 가장 많이 당황하는 유형입니다.

 

이번 글에서는 과점주주가 되는 순간 어떤 취득세가 왜 부과되는지, 그리고 실제 과세·비과세 판정 기준까지 실무적으로 정리해보겠습니다.

과점주주가 되는 순간 과세가 시작됩니다.

주식 취득만으로 취득세가 생기는 이유.

과세·비과세가 갈리는 핵심 시점.

 

감자·소각으로 지분이 늘어도 과세 여부.

신고기한·지분율·특수관계인 체크포인트.

1. 과점주주 간주취득세의 법적 근거

「지방세법」은 다음과 같이 규정합니다.

“비상장법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 그 주주가 주식총수의 50%를 초과하여 소유하게 된 경우,
해당 주주는 그 법인의 부동산·차량 등 자산을 지분비율만큼 취득한 것으로 본다.”

 

따라서 과점주주가 되는 순간, 법인이 보유한 부동산이나 차량, 기계장비의 장부가액 × 지분율 × 2.2% 만큼 취득세가 발생합니다.
이때 농어촌특별세와 지방교육세가 포함된 세율이며, 과세표준은 시가가 아닌 장부가액을 기준으로 계산됩니다.

이처럼 주식 취득만으로도 취득세가 부과되는 이유는 세법이 과점주주의 ‘실질적 담세력’, 즉 법인 자산을 지배·처분할 수 있는 능력을 재산 취득과 동일하게 보기 때문입니다.

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2. 예시로 이해하는 간주취득세 구조

예를 들어 A씨가 비상장법인 B의 주식 100%를 인수했다고 가정해 봅시다.
B법인이 30억 원 상당의 부동산을 보유하고 있다면, A씨는 주식 인수를 통해 사실상 30억 원짜리 자산을 간접적으로 취득한 효과를 얻게 됩니다.

 

이때 과세표준은 30억 원, 세율은 2.2%이므로 A씨에게는 약 6,600만 원의 취득세가 부과됩니다.

여기서 주의해야 할 점은, B법인이 과거 그 부동산을 취득할 때 이미 취득세를 납부했더라도 A씨가 새로 과점주주가 되는 순간 별도로 간주취득세를 부담해야 한다는 것입니다.

법인의 취득세와 과점주주의 취득세는 전혀 다른 세목입니다.

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3. 과점주주가 된 시점과 자산 취득 시점이 겹친다면

만약 과점주주가 된 날에 법인이 부동산을 새로 취득했다면 어떻게 될까요?
즉, ‘과점주주 성립 시점’과 ‘법인의 부동산 취득 시점’이 동일한 경우입니다.

이 경우 세법상 납세의무는 성립하지 않습니다.

 

과점주주가 된 시점에 법인이 아직 해당 자산을 보유하지 않았다면 그 부동산은 과점주주의 간주취득 범위에 포함되지 않습니다.

정리하면, 과세의 기준시점은 과점주주가 된 시점입니다.
그 이후에 법인이 새로 취득한 부동산은 간주취득세 과세대상이 아닙니다.

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4. 법인 중과세가 과점주주에게도 적용될까

법인이 과밀억제권역 내에서 본점을 신축하는 등 사유로 취득세 중과세를 적용받는 경우라도,
이 중과세율이 과점주주 개인에게 자동으로 적용되는 것은 아닙니다.

법인의 중과세는 ‘법인 자체의 취득행위’에 대한 가중 과세로, 과점주주가 부담하는 간주취득세와는 별개입니다.
다만, 법인이 보유한 자산이 고급주택이나 별장 등 중과대상 자산인 경우에는 그 자산의 성격에 따라 과점주주에게도 중과세가 적용될 수 있습니다.

즉, 법인 사유의 중과는 법인만, 자산 사유의 중과는 과점주주도 적용된다고 정리할 수 있습니다.

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5. 감자나 주식소각으로 지분이 늘어난 경우

실무에서 자주 문제가 되는 부분은 다른 주주의 감자나 주식소각으로 인해 내 지분율이 50%를 초과하게 된 경우입니다.

이때 실제로 주식을 새로 취득하지 않았다면 과세할 수 없습니다.

 

대법원은 다음과 같이 판시했습니다.

“법인의 무상감자 또는 주식소각으로 기존 주주의 지분율이 증가한 경우, 이는 새로운 주식 취득으로 볼 수 없으므로 과점주주 간주취득세 납세의무가 성립하지 않는다.”

 

유상감자의 경우도 마찬가지입니다.
단순히 비율이 높아졌다고 해서 ‘주식을 새로 취득한 것’으로 볼 수는 없기 때문에 과세 요건이 충족되지 않습니다.

💬 실무 코멘트: 감자·소각 후 지분율이 50%를 넘는 사례는 신고 누락이 가장 자주 발생하는 유형입니다.
실제로 주식을 취득하지 않았다는 점을 입증하려면 감자결의서, 주총의사록, 주식변동상황명세서가 필수입니다.

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6. 지분율 계산 시 유의할 점

과점주주는 지분 50% 초과가 기준입니다.
정확히 50%인 경우에는 과점주주로 보지 않습니다.
또한 의결권이 없는 주식은 지분율 산정에서 제외됩니다.

특수관계인과 함께 지분을 보유한 경우에는 합산 지분율로 판단하므로, 가족이나 계열회사를 통한 우회 취득에도 유의해야 합니다.
과점주주에는 개인뿐 아니라 법인도 포함되며, 법인의 대표자 또는 실질 지배자가 동일인으로 평가되는 경우 납세의무가 연결될 수 있습니다.

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7. 신고와 납부, 관할 지자체 선택

과점주주 간주취득세는 과점주주가 된 날로부터 60일 이내 신고·납부해야 합니다.
신고기한을 넘기면 무신고·납부지연 가산세가 부과됩니다.

또한 관할은 법인 본점 소재지가 아니라 부동산 소재지 관할 시·군·구입니다.
예를 들어 법인 본점이 서울 중구에 있더라도 취득대상 부동산이 강원도 원주에 있다면 원주시청에 신고해야 합니다.

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8. 실무상 주의할 점

과점주주는 단순히 주식을 인수한 투자자 이상의 의미를 가집니다.
해당 법인의 세금, 부동산, 부채까지 간접적으로 책임질 수 있기 때문입니다.
특히 법인이 세금을 체납한 경우, 과점주주는 제2차 납세의무를 부담할 수 있습니다.

따라서 비상장법인을 인수하거나 과점주주가 되는 경우에는

 

다음 사항을 반드시 확인해야 합니다.

• 법인의 세금 체납 내역
• 부동산 취득일과 보유 자산 목록
• 과거 과점주주 변동 및 지분율 산정 방식
• 특수관계자 간 거래 및 자금 흐름

이 과정에서 세무실사(Tax Due Diligence)를 진행하면
예상치 못한 세금 리스크를 사전에 차단할 수 있습니다.

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9. 정리

 

구분	과세 여부	주요 내용
비상장 법인 주식 50% 초과 취득	과세	간주취득세 성립 (장부가 × 지분율 × 2.2%)
과점주주 성립 후 법인 자산 신규 취득	비과세	과세 시점 이전 자산만 대상
법인 본점 신축에 따른 중과	비과세	법인만 적용
고급주택·별장 등 자산 자체 중과	과세	자산 성격에 따라 중과 가능
무상감자·주식소각으로 지분율 상승	비과세	실질 취득 없음
신고 지연	가산세 부과	60일 내 신고·납부 필요

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10. 마무리

과점주주 간주취득세는 눈에 보이지 않는 자산 취득에도 과세하는 제도입니다.
주식을 인수하면서 부동산을 직접 사지 않아도, 결국 법인의 자산을 지배할 수 있는 위치에 올라선다면
세법은 이를 ‘간주취득’으로 본다는 점을 명심해야 합니다.

비상장법인을 인수할 때는 ‘법인의 부동산 자산이 무엇인지’, ‘과거 취득세 납부 이력이 있는지’,
‘지분율 산정 방식에 문제는 없는지’를 미리 점검해야 합니다.

형식보다 실질, 주식보다 자산을 보는 세법의 관점에서 보면 과점주주가 되는 순간부터는 세무 리스크 관리가 곧 절세 전략입니다.

 

 

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