지목변경만 했는데 세금이?― 간주취득세와 개발부담금의 모든 것

토지의 지목을 바꾸는 일은 행정 절차처럼 보이지만,
실무에서는 지목변경만으로 ‘간주취득세’와 ‘개발부담금’이 동시에 발생하는 대표적 사례로 자주 등장합니다.
“땅을 새로 산 것도 아닌데 왜 취득세가 나오죠?”라는 질문도 늘 이 대목에서 나옵니다.

 

지목이 바뀐다는 건 단순한 명칭 변경이 아니라, 토지의 용도·가치·경제적 성질이 함께 변했다는 신호이기 때문입니다.
그래서 「지방세법」은 지목변경을 사실상의 ‘새로운 취득’으로 보아 간주취득세를 부과하고, 개발이익이 발생하면 개발부담금까지 함께 검토하도록 규정하고 있습니다.

 

실제 현장에서도 농지 → 대지, 임야 → 공장용지처럼 지목이 한 번만 바뀌어도 세부담이 수백만 원에서 수억 원까지 달라질 수 있는데요.

 

이번 글에서는 지목변경 시 왜 세금이 발생하는지, 그리고 간주취득세·개발부담금이 각각 어떤 기준으로 계산되는지를
사례 중심으로 깔끔하게 정리해보겠습니다.

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 1️⃣ 지목변경에 따른 간주취득세의 개념

일반적으로 취득세는 부동산을 새로 사거나 상속받을 때 부과됩니다.
그러나 「지방세법」 제10조의6 제2항은 예외적으로 다음과 같이 규정합니다.

“토지의 지목을 사실상 변경함으로써 가액이 증가한 경우에는 그 증가한 가액에 대해 취득세를 부과한다.”

 

즉, 지목이 바뀌어 토지 가치가 오르면, 그 증가분에 대해 2.2%(농어촌특별세 포함)의 취득세를 내야 합니다.

 

💡 예시로,

• 변경 전 개별공시지가: 1억 원
• 변경 후 개별공시지가: 1억 5천만 원
  → 증가분 5천만 원 × 2.2% = 110만 원의 취득세 발생

신고기한: 지목이 실제로 바뀐 날(형질변경일 또는 공부상 변경일 중 빠른 날)로부터 60일 이내 신고·납부해야 합니다.

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 2️⃣ 실제 사례로 보는 지목변경 취득세

A씨는 10년 전 ‘잡종지’를 매입하고 근린생활시설 건축허가를 받아 건물을 지었습니다.
이후 토지의 지목이 ‘대지’로 변경되자,
“지목변경에 따른 취득세와 개발부담금을 내야 한다”는 안내를 받았습니다.

A씨는 “토지를 새로 산 게 아닌데 왜 취득세가 붙느냐”고 의아했지만,
지목이 바뀌면 토지의 성격과 가치가 변하므로
법적으로는 ‘새로운 재산을 취득한 것’으로 본다는 것이 원칙입니다.

 

👉 지목변경 취득세가 자주 발생하는 경우

• 농지(전·답)를 대지로 변경해 주택을 신축하는 경우
• 임야를 공장용지로 조성한 경우
• 창고용 토지로 전환하거나 창고시설 인허가를 받은 경우

이처럼 건축허가·형질변경 인허가가 연계된 지목변경은 대부분 취득세 납세의무가 발생합니다.
신고를 누락하면 무신고·납부지연 가산세가 함께 부과될 수 있으므로 반드시 기한 내 신고해야 합니다.

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3️⃣ 개발부담금도 함께 부과된다

지목변경은 종종 「개발이익환수에 관한 법률」상 개발부담금 부과대상 사업에 포함됩니다.
즉, 단순히 지목만 바꾼 것이 아니라 개발로 인해 토지 가치가 상승한 경우, 그 개발이익의 일정 부분을 국가가 환수하는 제도입니다.

 

📘 개발부담금 부과대상 사업 예시

• 택지개발사업
• 도시환경정비사업
• 산업단지 조성
• 골프장 건설, 창고시설 설치 등

💰 개발부담금 산정 공식

개발이익 = (종료시점 지가 – 개시시점 지가) – 정상지가상승분 – 개발비용

 

예시 계산

• 사업 개시 시점 지가: 5억 원
• 종료 시점 지가: 10억 원
• 정상상승분 및 개발비용: 1억 원
  → 개발이익 = 10억 – 5억 – 1억 = 4억 원
  → 개발부담금 = 4억 × 25% = 1억 원 부과

부과 시기:
사업 종료 후 3개월 이내에 관할 시·군·구가 부과 결정을 내리고, 납세자는 부과일로부터 6개월 이내 납부해야 합니다.

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4️⃣ 취득세와 개발부담금의 관계

지목변경에 따른 간주취득세와 개발부담금은 모두 ‘지목변경’을 전제로 하지만,
두 세금의 과세 목적과 계산 기준은 완전히 다릅니다.

 

구분	과세 목적	산정 기준	납세 시기
간주취득세	자산 가치 상승에 따른 취득행위 간주	지목변경으로 증가한 가액	변경일로부터 60일 이내
개발부담금	개발이익의 환수	개발이익의 25%	사업 종료 후 부과결정 시

 

📘 「개발부담금 부과징수 업무처리규정」 제11조 제3항

“지목변경에 대해 납부한 취득세는 개발비용으로 본다.”

 

즉, 두 세금 모두 납부해야 하지만 지목변경 취득세를 개발비용으로 공제받을 수 있어 중복부담이 완화됩니다.

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5️⃣ 실무 유의사항 총정리

•  지목변경 후 60일 이내 취득세 신고 필수
•  건축허가·형질변경 허가 단계에서 세금 사전 예측 필요
•  일정 규모(660㎡~990㎡ 이상) 사업은 개발부담금까지 검토
• 취득세는 개발비용 공제 가능, 개발부담금 절감 효과
• 실질 변경일 기준으로 판단하므로, 서류상 변경보다 빠른 경우도 주의

 

 

✅ 결론 요약

• 지목이 바뀌면 세금이 생긴다 → 간주취득세 2.2%
• 개발사업이면 개발부담금(개발이익의 25%)도 부과
• 취득세는 개발비용 공제 가능 → 중복부담 완화
• 신고기한 60일 / 개발부담금 납부기한 6개월
• 실질 변경일 기준 판단이 핵심

지목변경은 단순 행정절차로 보이지만, 세무상으로는 ‘자산의 재취득’으로 보는 중요한 이벤트입니다.
따라서 건축허가, 형질변경, 개발사업 계획 단계에서 세금 시뮬레이션을 미리 해두는 것이 불필요한 가산세를 막는 최선의 절세 전략입니다.

 

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