장기보유특별공제 표2, 비거주자·상생임대·관리처분에도 적용?｜2025 핵심 정리

장기보유특별공제는 1세대1주택 비과세와 함께 양도세 부담을 결정짓는 가장 중요한 규정입니다.

 

그런데 이 공제에는 크게 두 가지 방식이 존재합니다.

• 표1(보유기간 공제율): 최대 30% 공제
• 표2(보유기간 + 거주기간 공제율): 최대 80% 공제

이번 글에서 다루는 “표2”는 두 가지 요건을 모두 충족할 때 적용되는, 가장 강력한 장기보유특별공제입니다.

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1️⃣ 표2는 무엇인가? 

장기보유특별공제는 원래 “오래 가지고 있었던 주택”에 대해 양도차익 일부를 빼주는 제도인데,

 

‘표1·표2’의 차이는 거주요건의 포함 여부입니다.

 

✔ 표1: 보유기간만 충족

• 최대 30%까지만 공제
• 실제 거주 여부는 고려하지 않습니다
• 투자·임대 중심의 주택에서 적용되는 공제

✔ 표2: 보유기간 + 거주기간 충족(특히 2년 이상)

• 최대 80%까지 공제
• 실거주 중심의 주택, 즉 1세대1주택에 유리한 공제
• 공제율은 ‘보유기간 40% + 거주기간 40%’ 구조입니다

예를 들어, 10년 보유 + 10년 거주라면 = 공제율 80%까지 올라갑니다.

따라서 표2는 “고가주택 비과세”나 “일시적 1세대2주택 공제 적용 후 양도” 등 다양한 사례에서 세 부담을 크게 줄여주는 핵심 제도입니다.

 

문제는 현실에서는 다음과 같은 상황 때문에 표2 계산이 복잡해진다는 점입니다.

• 해외 체류로 일부 기간 동안 비거주자였던 경우
• 상생임대주택처럼 거주요건을 대체하는 제도와 겹치는 경우
• 재건축·재개발로 관리처분인가 이후 거주 자체가 불가능해지는 경우
• 주택이 입주권으로 바뀌는 경우

국세청은 2024~2025년 여러 예규를 통해 이 복잡한 구조를 사실상 하나의 해석 틀로 정리하고 있습니다.

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2️⃣ 비거주자 기간이 있어도 표2는 전체 기간을 그대로 인정합니다

 

✔ 주요 근거: 법규과-760 (2025.04.11.)

 

비거주자 기간이 있는 경우 표2 적용을 제한해야 한다는 오해가 많습니다.

취득 당시 또는 중간에 비거주자였더라도 양도일 현재 거주자라면 전체 보유·거주기간을 기준으로 표2를 적용합니다.

 

즉,

• 비거주 → 거주로 전환한 경우
• 취득 당시 비거주자였던 경우
• 관리처분인가 시점에 해외 체류했던 경우

이러한 사정들은 공제율 자체를 낮추는 요인이 되지 않습니다.

 

✔ 왜 이런 판단이 나올까?

표2의 본질은 “오래 보유 + 실거주”를 평가하는 것이지, 중간에 해외체류 등으로 일시적으로 비거주가 된 사실을 표2의 부정 사유로 보지 않기 때문입니다.

 

이 해석은 아래 두 예규와도 일관됩니다.

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3️⃣ 조세정책과-69(2025.01.13.) — 비거주자 기간을 표2에서 배제하지 않습니다

이 예규는 거주자→비거주자→거주자로 다시 복귀한 사례에서 다음과 같이 판단했습니다.

전체 보유기간·전체 거주기간을 기준으로 표2 공제율 산정.

 

즉, 표2는 “비거주 기간 제외형 공제”가 아닙니다. 다시 거주자가 되어 양도하면 전체기간을 그대로 인정합니다.

 

✔ 실무적 의미

• 해외 장기 근무자
• 유학, 동반 거주 등으로 인한 비거주 기간
• 외국인 배우자와 혼인한 뒤 세대 판정이 늦어진 사례

이러한 상황에서도 표2를 배제할 필요가 없습니다.

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4️⃣ 과거 예규(재산세과-1319, 2009년)도 동일한 구조를 유지하고 있습니다

이 예규는 표2의 원칙을 가장 간단하게 요약합니다.

양도일 현재 거주자라면 전체기간을 기준으로 장특공제(표2)를 산정한다.

 

즉, 비거주 기간 자체가 문제라기보다 “양도일의 세대 상태”가 본질적 기준입니다.

이 원칙은 지금의 최신 해석과 완전히 일치합니다.

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5️⃣ 관리처분인가 이후 거주기간이 ‘제로’가 되어도 표2가 막히지 않습니다

✔ 근거: 서면-2024-법규재산-0802 (2024.12.19.)

재건축·재개발 구역에서는 관리처분인가 이후 실거주가 현실적으로 거의 불가능합니다.
이 때문에 장기보유특별공제 중 ‘거주기간 40%’ 부분이 문제되는 경우가 많습니다.

이번 예규는 이 문제를 다음과 같이 정리합니다.

상생임대 요건을 충족했다면, 관리처분인가 이후의 거주 불가능 기간은 표2 판단에서 불리하게 보지 않는다.

 

즉,

• 상생임대가 거주요건을 대체해 주고
• 관리처분 이후는 실거주가 가능한 구조가 아니기 때문에
  표2 적용에서 거주기간 누락 문제를 만들지 않는다는 결론입니다.

 

✔ 중요한 실무 의미

• 재건축 중 전입이 막혀도 표2 적용 가능
• 상생임대가 충족된 경우 실제 거주 0년이어도 공제율은 올라갈 수 있음
• 입주권 상태에서 양도해도 표2 적용 가능

재건축 구역 세대에게는 매우 큰 의미가 있는 해석입니다.

 

6️⃣ 표2 적용 판단은 결국 이 흐름으로 정리됩니다

 

① 양도일 현재 거주자인가?

→ 그렇다면 전체 보유기간·전체 거주기간을 기준으로 표2 산정

 

② 상생임대를 충족했는가?

→ 그렇다면 거주요건 자체가 대체됨(실제 거주기간이 부족해도 공제율 가능)

 

③ 관리처분인가 이후 거주가 불가능해졌는가?

→ 그렇다면 그 기간은 표2 산정에서 불리하게 작용하지 않음

 

④ 유일하게 표2 적용이 불가능한 경우

→ “비거주자 상태로 양도”하는 경우

 

이 네 가지를 충족하면 표2는 훨씬 폭넓게 적용됩니다.

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7️⃣ 최종 결론

2024~2025년 예규들을 종합하면 장기보유특별공제 표2는 이전보다 명확하고 유연한 방향으로 해석되고 있습니다.

표2의 본질은 ‘장기 보유 + 실질적 거주 의무 충족’이며, 이 목적을 저해하지 않는 상황(비거주자 기간·관리처분·상생임대 등)은 표2 배제 사유가 아니다.

 

즉, 비거주자 기간이 있더라도, 상생임대를 통해 거주요건을 충족했더라도, 재건축으로 실제 거주가 불가능한 상태가 되더라도, 표2 적용은 가능합니다.

이제 표2는 “거주기간이 모자랄까?”라는 불안보다는 “최종적으로 양도 시점에 거주자였는가?”를 중심으로 판단하는 것이
가장 정확한 접근이 됩니다.

 

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