조합원입주권 비과세, 핵심은 ‘최종 1입주권’입니다｜2025 최신 예규 정리

재개발·재건축 구역에서는 기존 주택이 멸실되면서 새로운 형태의 권리가 생기고, 그 과정에서 세대가 보유하는 자산 구조가 크게 바뀌는 일이 흔합니다.

 

특히 한 세대 내에

• 종전 1주택,
• 공동상속으로 취득한 지분,
• 장기임대주택,
• 그리고 이들이 통합·분리되며 발생하는 입주권들
  이 혼재하는 사례가 많습니다.

조합원입주권 비과세는 이러한 ‘권리 변환 과정’ 때문에 실제 적용 기준이 어렵게 느껴지지만, 최근 예규들은 한 가지 공통된 방향을 보여줍니다.

“입주권이 최종적으로 몇 개로 귀결되는지가 판단의 출발점이며,나머지는 그 구조 위에서 해석된다.”

 

이번 글에서는 이 관점에서 2024~2025년 예규 3개가 어떻게 비과세 기준을 정리하고 있는지 살펴봅니다.

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1️⃣ 동일세대원 상속으로 취득한 입주권은 ‘최종 1입주권’이면 비과세가 가능합니다

✔ 주요 근거: 부동산납세과-1229 (2024.07.25.)

동일세대원 사이에 상속이 이루어진 경우, 보유·거주기간은 통산됩니다.
이 원칙은 주택뿐 아니라 조합원입주권에도 그대로 적용됩니다.

 

예규는 다음과 같은 구조를 인정했습니다.

• 부모와 동일세대였던 자녀가
• 상속으로 입주권을 취득하고
• 양도 시점에 이 외 다른 주택·입주권·분양권이 없다면
  → 1입주권 비과세 적용 가능

즉, 상속받았다는 사실보다 중요한 것은 양도 시점의 보유 구조가 ‘1입주권’으로 귀결되는가입니다.

이 원칙 덕분에 공동상속, 지분 정리, 세대 분리 등 다양한 상황에서 발생하는 상속입주권도 비교적 명확하게 판단할 수 있습니다.

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2️⃣ 1주택 + 공동상속지분이 하나의 입주권으로 통합되면, 그 결과만 본다는 점이 중요합니다

✔ 주요 근거: 재산세제과-266 (2025.03.20.)

 

다음 사례를 보면 국세청이 어떤 관점으로 판단하는지 명확해집니다.

• 본인 소유 주택 A
• 공동상속받은 주택 B(1/4 지분)
• 두 주택이 동일 재개발구역에 포함
• 관리처분인가 이후 A·B가 하나의 입주권으로 통합됨

이 경우 국세청은 다음과 같이 판단했습니다.

이 결과로 한 개의 조합원입주권만 만들어진 것이라면, 그 입주권을 양도할 경우 1세대1주택 비과세를 적용할 수 있다.

 

주택이 두 개였는지, 지분이 나누어져 있었는지는 중요하지 않습니다.
관리처분인가 이후 실제로 ‘입주권이 몇 개인가?’가 판단 기준입니다.

 

이 관점은 재개발 실무에서 매우 중요합니다.
“지분이 둘인데 그럼 2입주권인가요?”라는 오해가 많지만, 국세청은 입주자 지위가 하나면 1입주권으로 봅니다.

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3️⃣ 장기임대주택이 재개발되어 입주권이 ‘두 개’가 되어도 거주주택 비과세는 그대로 유지됩니다

✔ 주요 근거: 법규재산-3394 (2025.03.28.)

장기임대주택이 재개발되며 1세대가 새로운 형태의 입주권을 여러 개 갖게 되는 경우가 있습니다.

 

이때 흔히 나오는 우려는 다음과 같습니다.

“입주권이 여러 개가 되었으니 다주택이 되는 것 아닌가?”
“그러면 거주주택 비과세는 깨지는 것 아닌가?”

 

예규에서는 

장기임대주택 자체가 주택 수 산정에서 제외되는 구조이기 때문에, 그것이 입주권 2개로 변환되더라도 ‘거주주택 비과세’에는 영향을 주지 않는다.

 

핵심은 다음 두 가지입니다.

 

① 입주권이 2개가 된 것은 장기임대의 물리적 변환일 뿐입니다

장기임대 요건이 유지되고 있다면 그 두 개의 입주권 모두 “주택 수 증가”로 평가되지 않습니다.

 

② 판단 기준은 오직 “거주주택 양도 시점의 임대등록 유지 여부”

• 임대등록 유지 → 거주주택 비과세 적용
• 말소된 경우 → 특례 불가

즉, 입주권 개수는 본질적인 변수가 아닙니다.

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4️⃣ 결국 조합원입주권 비과세 판단의 중심축은 단 하나입니다

👉 “양도 시점 기준으로 1개의 입주권 구조인가?”

 

최근 예규들은 모두 이 원칙을 공통적으로 사용하고 있습니다.

 

정리하면,

• 상속입주권이든
• 지분이 합쳐진 입주권이든
• 장기임대가 변환된 입주권이든

양도 시점에 오직 1입주권만 보유하고 있다면 비과세 가능성이 매우 높습니다.

 

단, 다음 두 가지는 예외 없이 확인해야 합니다.

✔ 동일세대 여부 → 상속입주권의 보유·거주기간 통산

✔ 임대등록 유지 여부 → 장기임대와 결합된 경우

 

이 두 가지가 충족되면 조합원입주권 비과세는 생각보다 훨씬 명확하게 판단할 수 있습니다.

 

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