상속주택 + 장기임대주택 + 거주주택, 비과세가 될까? 2025년 주택 수 제외 규정과 최신 해석 정리

주택 보유 형태가 복잡해지는 상황은 대부분 다음 세 가지가 한꺼번에 얽힐 때입니다.

1. 부모님으로부터 상속받은 주택이 있고
2. 본인이 실제 거주하는 1주택이 있으며
3. 추가로 장기임대주택을 등록해 보유하고 있는 경우

이 세 가지가 동시에 존재하면 주택 수 산정, 비과세 요건 판단, 임대사업자 사후관리 등이 서로 충돌하여
실무에서도 가장 문의가 많고 분쟁도 자주 발생하는 구조가 됩니다.

 

특히 상속주택은 언제나 주택 수에서 제외되는지, 장기임대주택은 거주주택을 양도할 때 영향을 주는지,
그리고 양도 순서를 어떻게 잡아야 비과세가 적용되는지에 대해 혼란스러워하는 납세자들이 많습니다.

 

이번 글에서는 이러한 복합 상황을 2025년까지의 해석과 예규를 바탕으로 하나씩 차분하게 정리해보겠습니다.

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1️⃣ 상속주택은 ‘기간과 무관하게’ 주택 수에서 제외된다

상속주택 특례의 출발점은 단순합니다.

상속받은 주택은 기간과 관계없이 1세대1주택 비과세 판정 시 주택 수에서 제외합니다.

 

그리고 이 규정의 핵심은 “상속주택이 1채일 경우”라는 점입니다.

 

다만 실제 실무에서는 아래 세 가지와 충돌하면서 혼란이 생깁니다.

 

✔ 상속주택이 2채 이상인 경우(다주택 상속)

상속주택이 여러 채라면 하나만 제외 가능하며, 나머지는 주택 수에 포함됩니다.

 

✔ 상속주택이 피상속인의 거주주택이 아닌 경우

상가주택, 임대용 주택 등은 용도에 따라 해석이 달라질 수 있습니다.

 

✔ 상속주택이 본인이 있는 지역에 가까워 이사하기 위해 보유한 경우

거주주택 비과세와 상속주택 규정이 서로 충돌할 수 있습니다.

 

즉, “상속받았으니 무조건 주택 수에서 빠진다”는 단순한 이야기가 아니라, 다른 주택과 결합된 상태에서의 판단 구조가 중요해집니다.

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2️⃣ 거주주택 + 장기임대주택이 있는 경우의 기본 원칙

장기임대주택은 종부세·양도세에서 여러 혜택을 제공하지만, 그 혜택이 거주주택 비과세와 자동 연결되는 것은 아닙니다.

 

이 부분을 명확히 보여주는 예규가 다음 자료입니다.

(서면-2017-부동산-0650) “장기임대주택과 거주주택을 보유한 1세대가 거주주택을 양도할 경우 1세대1주택 비과세 적용을 받을 수 있는 것임.”

 

이 문구는 매우 간결하지만 의미는 분명합니다.

 

✔ 장기임대주택이 있더라도 거주주택 비과세는 가능

→ 다만 장기임대주택이 세법상 ‘주택 수 제외 요건’을 충족하고 있어야 함

 

✔ 임대주택이라고 해서 언제나 제외되는 건 아님

→ 등록만 했다고 자동 제외가 되는 것이 아니라
→ 임대 의무기간 등 법정 요건이 충족되어야 주택 수에서 제외

 

즉, 임대주택 유지요건 충족이 비과세 판단의 핵심입니다.

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3️⃣ 임대주택 말소 시 추징 여부 — 2023·2025년 최신 해석

임대사업자 제도 변경 이후 많은 납세자가 우려하는 부분이 바로 이것입니다.

“거주주택을 먼저 팔고 나중에 임대사업자 등록이 말소되면 비과세가 추징되는가?”

(서면-2023-법규재산-3596)“거주주택 양도 후 임대사업자 말소가 있어도 세법상 임대기간요건을 충족하면 추징하지 않음.”

 

이 내용은 실무에서 매우 중요한 기준이 됩니다.

 

✔ 양도 시점에 임대주택이 요건을 충족했다면

→ 이후 임대사업자 말소가 발생하더라도 비과세를 다시 취소하지 않음

 

즉, “사후 말소 = 추징”이라는 단순 도식은 맞지 않습니다. 중요한 것은 양도 당시 임대주택이 세법상 요건을 만족했는지입니다.

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4️⃣ 상속주택 + 거주주택 + 장기임대 조합이 충돌할 때 실제 적용 구조

이제 세 가지 규정이 동시에 작동할 때 실무에서는 어떻게 판단하는지 살펴보겠습니다.

 

① 상속주택 1채 → 주택 수 제외

→ 기본적으로 거주주택 비과세를 방해하지 않음

 

② 장기임대주택 → 요건 충족 시 주택 수 제외

→ 의무기간 미충족 시 제외 불가(= 비과세 탈락 가능)

 

③ 거주주택 → 2년 보유·거주 요건 확인

→ 상속주택·임대주택 모두 조건 충족하면 최종적으로 1주택 판정

 

즉, 세 가지를 모두 충족해야만 안전하게 비과세가 가능합니다. 이 세 가지 중 하나라도 요건이 어긋나면 그 순간 전체 구조가 달라집니다.

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5️⃣ 임대주택의 ‘거주기간 산정’은 실무에서 흔히 놓치는 핵심 요소다

장기임대주택은 주택 수에서 제외되기 때문에 거주주택 비과세를 적용할 때 매우 유리한 구조를 만들 수 있습니다.
하지만 제외가 되려면 반드시 충족해야 하는 요건들이 있고, 그중 일부는 임대기간과 별도로 ‘거주기간 산정’ 방식을 요구합니다.

이 과정에서 가장 자주 오해되는 예규가 아래 해석입니다.

(재일46014-1517) “전 임차인의 거주기간은 5년 거주요건에 산입하지 아니함.”

 

이 문장은 단순해 보이지만 의미가 명확합니다.
임대주택을 거주주택 비과세 판정 시 주택 수에서 제외하려면 특정 규정에서 요구하는 거주기간 요건을 충족해야 하는데,
이때의 거주기간은 반드시 현 임차인이 실제로 거주한 기간만 인정한다는 뜻입니다.

 

① 임차인이 바뀌는 것은 정상적인 상황이다

우선, 임대주택에서 임차인이 바뀌는 것은 전혀 문제가 되지 않습니다.
장기임대주택의 핵심 요건인 “8년 이상 계속 임대”라는 요건은 임차인이 수차례 바뀌어도 끊기지 않고 그대로 인정됩니다.

즉, 임대기간 자체는 누적되며 임차인 변경이 임대사업 유지에 영향을 주지 않습니다.

 

② 다만 ‘거주기간’을 판단해야 하는 특례에서는 전 임차인의 기간을 합산할 수 없다

 

문제가 되는 부분은 “임대기간”이 아니라 “거주기간”입니다.

예규의 취지는 이렇습니다.

• 임대기간(8년·10년) → 임차인 변경과 무관하게 누적
• 거주기간(예: 5년 요구하는 규정) → 현 임차인의 실제 거주기간만 인정

이렇게 구분하는 이유는 정책적 목적 때문입니다.
장기임대 특례는 현 임차인의 장기 거주 안정성 보장을 전제로 설계된 제도이므로 이전 세입자가 살았던 기간을 합산하면 정책 취지와 어긋나기 때문입니다.

 

③ 그래서 장기임대주택이 주택 수에서 제외되지 못하는 사례가 생긴다

예를 들어 보겠습니다.

• 전 임차인: 4년 거주
• 현 임차인: 1년 거주

합산하면 총 5년이지만, 예규에 따라 전 임차인의 4년은 산입되지 않습니다.

따라서 요건을 충족하지 못해 장기임대주택이 주택 수 제외 대상에서 빠지는 상황이 생깁니다.

 

이 순간 구조는 단번에 달라집니다.

➡ 장기임대주택이 주택 수에 포함

➡ 결과적으로 2주택 이상 판정

➡ 본인의 거주주택 비과세가 불가능해짐

 

즉, 상속주택은 기간과 무관하게 제외되지만 장기임대주택은 “거주기간 요건 충족 여부”에 따라 비과세가 성패가 갈리는 구조라는 점이 실무에서 매우 중요합니다.

 

④ 정리하면 이렇게 구분하는 것이 정확하다

판단 요소	임차인 변경 시 영향
장기임대주택 의무임대기간(8년·10년)	영향 없음 (임차인 변경 가능)
임대사업자 등록 유지 여부	영향 없음
거주기간 요건(특례 적용 시)	전 임차인 기간 합산 불가
양도세 비과세 위한 주택 수 제외	거주요건 미충족 시 제외 불가 → 비과세 불가 가능성

6️⃣ 실무 예시로 보는 적용 흐름

복잡해 보이지만 실무에서는 아래처럼 판단하면 명확합니다.

 

🟦 예시 1: 상속 1주택 + 장기임대주택 + 본인 거주주택

• 상속주택: 주택 수 제외
• 임대주택: 임대기간 요건 충족 → 주택 수 제외
• 결과: 본인 거주주택 1채만 남아 비과세 가능

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🟥 예시 2: 동일한 구조지만 임대기간 미충족

• 상속주택: 제외
• 임대주택: 제외 불가 → 주택 수에 포함
• 결과: 2주택 판정 → 거주주택 비과세 불가

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🟩 예시 3: 양도 후 임대사업자 말소

• 양도 시점: 임대주택이 요건 충족
• 양도 후: 임대사업자 말소
  → 결과: 서면-2023-법규재산-3596에 따라 추징 없음

 

🔚 결론 — 2025년 기준 가장 중요한 판단 순서

 

정리하면 거주주택 비과세를 받기 위해서는 다음 순서를 반드시 지켜야 합니다.

① 상속주택이 1채인지, 주택 수 제외 대상인지 확인

② 장기임대주택이 세법상 요건을 충족하는지 검증

③ 거주주택의 2년 보유·거주 요건 충족 여부 확인

④ 양도 순서를 바꿔야 비과세가 유지되는지 판단

⑤ 임대사업자 말소가 예정되어 있는 경우 양도 시점 기준으로 요건 체크

 

특히 상속주택은 기간과 무관하게 제외되지만, 장기임대주택은 요건 미충족 시 가장 큰 리스크가 된다는 점이 핵심입니다.

 

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