폐업 시 부가가치세 자가공급 완전정리 ― 재고·건물·장비 환입까지 2025 실무 기준

사업을 정리할 때 가장 먼저 떠오르는 것은 영업 종료일이지만,
세법의 관점에서는 그 시점이 오히려 가장 많은 리스크가 발생하는 시기입니다.

특히 부가가치세는 “거래”가 없어도 세금이 생길 수 있기 때문에 폐업을 준비하는 단계에서 생각보다 많은 부분을 검토해야 합니다.

 

그중 핵심이 바로 ‘자가공급’입니다.
재고가 남아 있거나, 환급받은 건물·장비가 있다면 그 자산을 실제로 팔지 않아도 부가세가 부과될 수 있습니다.
폐업 직전에 한 번 정리해 두지 않으면 추징규모가 수백만 원에서 수천만 원까지 커지는 사례도 적지 않습니다.

 

아래에서는 폐업 시 자가공급이 어떻게 발생하고, 어떤 자산이 대상인지, 실무에서 무엇을 체크해야 하는지를 자연스러운 흐름으로 정리해봅니다.

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1️⃣ 자가공급의 개념 – ‘거래가 없어도 공급으로 본다’

‘자가공급’이라는 말은 다소 생소하지만, 원리는 단순합니다.
부가세는 사업자가 사업 목적에 사용하기 위해 구입한 자산을 기준으로 매입세액 공제를 허용해 왔습니다.
그런데 사업을 정리하는 시점에 이 자산을 더 이상 영업에 사용하지 않고 개인적 용도로 전환한다면, 세법은 이를 “내부적인 공급”으로 보아 다시 부가세를 계산하도록 합니다.

 

근거는 「부가가치세법」 제10조와 시행령 제49조입니다.
이 규정은 폐업 시점에 남아 있는 재화가 있다면, 그 재화를 ‘공급한 것’으로 보아 부가세를 부과한다고 명확히 규정합니다.

 

즉, 팔지 않았더라도 세금은 발생할 수 있다는 의미입니다.
특히 매입 시 환급받았던 부가세가 있다면, 사업을 중단하면서 그 부분을 다시 반환하는 구조라고 이해하면 됩니다.

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2️⃣ 왜 폐업 시점에 자가공급 문제가 커질까?

폐업은 단순히 영업 활동이 끝나는 것이 아니라, 사업자가 보유하던 자산의 “용도 변경”이 동시에 발생하는 시점이기도 합니다.
재고는 더 이상 고객에게 판매되지 않고, 장비나 건물은 영업용이 아니라 개인 자산으로 전환될 수 있습니다.

세법은 바로 이 변화를 포착해 과세합니다.

 

따라서 별도의 수익이 없더라도, 남아 있는 자산에 대한 부가세가 매출세액처럼 발생하게 됩니다.

정리하자면

• 재고가 많을수록,
• 환급받은 자산이 클수록,
• 사용 기간이 짧을수록

자가공급 부담은 커집니다.

이 원리를 이해하면 왜 폐업 시 추징 사례가 많은지 자연스럽게 알 수 있습니다.

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3️⃣ 어떤 자산이 자가공급 대상이 될까?

폐업 시 자가공급 대상은 크게 두 가지입니다.
(1) 재고자산(잔존재화), (2) 감가상각자산입니다.
대상 여부는 복잡해 보이지만, 원칙은 매우 명료합니다.

 

● 재고자산: 팔지 못한 물건 전체가 과세대상

상품, 제품, 원재료, 소모품 등 판매 목적의 재고가 남아 있다면 폐업일 기준 시가로 부가세를 계산해야 합니다.

 

이때 “시가”는

• 실제 판매가 가능 금액,
• 유사 품목의 거래가,
• 폐업 직전의 판매 단가 등

현실적인 시장 가치를 기준으로 합니다.

단순 원가나 장부가를 기준으로 하는 것은 세법상 인정되지 않습니다.

 

● 감가상각자산: 환급받은 부가세가 있으면 과세

건물, 기계장치, 장비, 비품 등 감가상각자산 중 매입 시 부가세를 환급받았던 자산이라면 폐업 시점에 자가공급 대상이 됩니다.

 

다만 감가상각자산은 일정 기간이 지나면 제외됩니다.

• 건물 → 매입 후 10년이 지나면 자가공급 제외
• 기계·비품·차량 등 → 매입 후 2년이 지나면 제외

예를 들어 8년 된 건물은 10년 미만이기 때문에 과세 대상이고, 3년 이상 사용한 프린터는 2년을 넘었기 때문에 과세 제외입니다.

핵심은 “부가세 환급 여부 + 경과 기간” 이 두 요소를 반드시 확인해야 한다는 점입니다.

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4️⃣ 임대업·부동산업에서 추징이 큰 이유

상가 임대업처럼 건물에 투자하는 업종은 폐업 시 자가공급 리스크가 가장 크게 나타납니다.

 

그 이유는 명확합니다.
건물 매입 시 환급받은 부가세 금액이 높기 때문입니다.

 

예시로, 부가세 4,545만 원을 환급받은 건물을 취득 3년 후 폐업한다고 가정해 보겠습니다.

건물은 10년 경과 기준을 사용하므로, 잔존기간 7년분의 부가세를 다시 납부해야 합니다.

4,545만원×7/10=약3,182만원

 

이처럼 건물은 단일 자산만으로도 추징액이 크게 발생할 수 있으므로 폐업 전에 포괄양도양수 등을 검토하는 것이 실무적으로 매우 중요합니다.

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5️⃣ 과세되지 않는 경우도 있다

모든 자산이 자가공급 대상은 아닙니다.

 

아래의 경우는 예외로 처리됩니다.

• 건물은 10년, 기타 자산은 2년 이상 사용한 경우
• 매입세액 공제를 받지 않은 자산
• 실제로 폐기되었음이 증빙되는 경우
• 법원 경매 등 강제집행에 의한 처분

다만, “사용하지 않았다”는 진술만으로는 인정되지 않습니다.

폐기물 인수증, 사진, 거래명세서 등 객관적 증빙이 필요합니다.

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6️⃣ 폐업 전후로 이렇게 점검해야 한다

폐업을 결정했다면, 아래 항목을 순서대로 확인하는 것이 좋습니다.

• 남아 있는 재고의 양과 시가
• 환급받은 자산의 취득시기와 경과기간
• 건물 보유 여부(임대업자는 필수)
• 재고 폐기 가능 여부와 폐기 증빙 확보
• 포괄양도양수 적용 가능 여부
• 폐업 후 부가세 신고 기한(다음 달 25일)

특히 재고 폐기 증빙과 건물 환입 계산은 폐업 후 추징 위험을 크게 줄이는 핵심 관리 포인트입니다.

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7️⃣ 정리하며

폐업은 단순히 영업을 종료하는 절차가 아니라, 그동안 환급받았던 부가세를 다시 계산하는 “정산 과정”입니다.
재고가 남아 있거나 환급받은 자산이 크다면 실제 매출이 없더라도 부가세 부담이 발생할 수 있습니다.

 

결론적으로는 다음과 같습니다.

• 재고는 “폐업일 시가” 기준으로 과세될 수 있다.
• 환급받은 자산은 10년·2년 기준으로 환입 의무가 생긴다.
• 건물은 금액이 크므로 사전 정리 없을 경우 추징 위험이 높다.
• 폐기는 증빙만 확보되면 자가공급 과세를 피할 수 있다.
• 포괄양도양수는 폐업 부담을 줄일 수 있는 대표적인 대안이다.

폐업을 앞두고 있다면 단순히 영업을 멈추는 것이 아니라 남아 있는 자산을 어떻게 정리할 것인가가 가장 중요한 부분입니다.
폐업 전 미리 계산하고 증빙을 준비하는 것만으로도 대부분의 부가세 리스크는 관리할 수 있습니다.

 

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