철거 예정 건물인데 왜 부가세가 나올까｜건물가액 0원 인정 기준과 2019·2022 개정 흐름 정리

오래된 상가, 공장, 모텔, 숙박시설, 상가주택 등을 매입한 뒤 기존 건물을 철거하고 새 건물을 신축하는 거래는 실무에서 매우 자주 발생합니다.

이때 가장 많이 나오는 질문은 거의 같습니다.

건물은 곧 철거할 예정인데 왜 건물분 부가가치세를 내야 하는가.
계약서에 건물가액을 0원으로 적으면 부가세가 없는 것 아닌가.
실제로 건물을 철거했는데도 왜 기준시가로 안분해서 건물분 부가세를 계산하는가.

 

이 문제는 단순히 계약서 작성 방식의 문제가 아닙니다.
부가가치세법은 원래 토지는 면세, 건물은 과세라는 구조를 가지고 있고, 토지와 건물을 함께 거래할 때 건물 부분의 공급가액을 어떻게 볼 것인지가 계속 쟁점이 되어 왔습니다. 특히 “철거 예정 건물”은 거래의 실질이 토지인지, 아니면 여전히 건물을 포함한 거래인지에 따라 결과가 달라지기 때문에 예규와 법령 개정이 반복된 영역입니다.

이번 글에서는 이 문제를 다음 순서로 보겠습니다.

1. 기본 원칙: 왜 원래 건물분 부가세가 생기는가
2. 과거 해석: 건물가액 0원이 인정되던 시기
3. 2019년 개정: 왜 30% 기준이 들어왔는가
4. 2021년 해석: 철거 예정이어도 왜 과세된다고 봤는가
5. 2022년 개정: 왜 다시 예외가 생겼는가
6. 별도로 중요한 쟁점: 철거비용과 구건물 관련 매입세액은 왜 공제되지 않는가

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1. 출발점은 단순합니다. 토지는 면세이고, 건물은 과세입니다

이 문제를 이해하려면 먼저 기본 구조부터 분명히 해야 합니다.

부가가치세는 토지의 공급에는 과세되지 않고, 건물이나 구축물의 공급에는 과세됩니다.
그래서 토지와 건물을 함께 매매하면 전체 거래대금 중 건물 부분만 과세표준이 됩니다.

 

현재 부가가치세법 제29조 제9항은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우, 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 본다고 규정하고 있습니다. 다

만 토지와 건물의 가액 구분이 불분명하거나, 실지거래가액으로 구분한 금액이 대통령령에 따른 안분금액과 30% 이상 차이 나는 경우에는 대통령령에 따라 안분계산한 금액을 쓰도록 하고 있습니다.

즉 원칙은 이렇습니다.

• 토지는 면세
• 건물은 과세
• 토지와 건물을 같이 팔면 건물 부분만 부가세 과세
• 그런데 “건물 부분이 얼마냐”를 둘러싸고 계속 분쟁이 생김

실무상 대부분의 갈등은 바로 마지막 항목에서 발생합니다.

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2. 과거에는 “실질이 토지 거래라면 건물 0원도 가능하다”는 해석이 있었습니다

철거 예정 건물 거래에서 오래전부터 등장한 논리는 비교적 명확했습니다.

건물을 취득한 뒤 바로 철거해서 토지만 활용할 예정이고, 실제로도 그렇게 했다면, 매수인이 진짜 취득한 것은 건물이 아니라 사실상 그 바닥의 토지라고 볼 수 있지 않느냐는 것입니다.

오래된 낡은 건물에 경제적 가치가 없고, 오히려 철거비 부담만 남아 있는 경우라면 건물가액을 0원으로 보는 것이 거래 실질에 맞는다는 주장입니다.

 

이 입장을 보여주는 대표적인 해석이 2016년 회신문입니다.

 

서면-2015-부가-0937은 사업자가 토지와 건물을 일괄 양수하면서 계약서상 토지와 건물가액을 구분하되 건물가액은 없는 것으로 하고, 매매계약 체결 당시 건물 철거가 예정되어 있었고 실제로 철거하였으며, 계약서상 구분표시된 건물가액 0원이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 건물의 공급가액은 0이 될 수 있다고 보았습니다.

 

여기서 중요한 것은 단순히 “계약서에 0원이라고 적었다”가 아니라는 점입니다.
아래 요소가 함께 요구되었습니다.

• 계약 체결 당시 이미 철거가 예정되어 있을 것
• 실제로 철거가 이루어질 것
• 건물가액 0원이 정상적인 거래 관행이나 건물 상태에 비추어 합당할 것

즉, 과거에도 무조건 0원을 인정한 것이 아닙니다.
다만 실질이 토지 거래로 강하게 보이는 경우에는 0원 인정의 여지가 있었다는 뜻입니다.

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3. 그런데 더 오래된 예규를 보면, 철거 예정이어도 건물 양도로 보아 과세한 사례가 있습니다

여기서 실무가 복잡해집니다.
왜냐하면 과거 예규 중에는 정반대처럼 보이는 것도 있기 때문입니다.

 

부가46015-1396은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건축물을 일괄 양도하기로 계약한 뒤, 소유권이전등기 또는 잔금청산 전에 양수자가 양도자의 승낙을 받아 건물을 철거한 경우, 양도자 명의로 멸실등기를 했더라도 그 건물은 실질적인 양도에 해당하므로 부가가치세가 과세된다고 보았습니다.

 

이 해석은 중요합니다.
왜냐하면 “실제로 건물이 철거되었다”는 사실만으로 자동으로 부가세가 없어지는 것은 아니라는 점을 보여주기 때문입니다.

즉, 다음과 같은 구조에서는 과세될 수 있다는 것입니다.

• 토지와 건물을 일괄하여 양도하기로 계약
• 건물은 아직 양도인 소유 상태
• 다만 양수인이 승낙받아 잔금 또는 이전등기 전에 철거
• 형식상 멸실등기는 양도자 명의

이 경우 세법은 “건물이 애초에 거래의 대상이었고, 실질적으로 양수인에게 이전된 뒤 철거된 것”으로 보아 과세할 수 있다는 입장입니다.

 

그래서 실무에서는 단순히 “철거했다”는 결과보다, 언제, 누가, 어떤 조건으로, 어떤 계약 구조 아래서 철거했는지가 훨씬 중요합니다.

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4. 왜 2019년에 법이 바뀌었나: 건물가액을 인위적으로 낮추는 문제 때문입니다

철거 예정 거래에서 건물가액 0원 인정 논리는 실무상 상당히 유용했지만, 동시에 악용될 가능성도 컸습니다.

 

예를 들어 총매매대금이 50억이라고 할 때,

• 토지 49억
• 건물 1억

또는 더 나아가

• 토지 50억
• 건물 0원

이런 식으로 구분하면 건물분 부가세를 크게 줄일 수 있습니다.

실질은 토지와 건물을 함께 넘기는 거래인데, 계약서상 안분만 조정해 조세부담을 낮추는 구조가 가능했던 것입니다.

이런 문제를 막기 위해 2019년 개정에서 부가가치세법 제29조 제9항 제2호가 도입됩니다.

 

현재 조문은 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 대통령령에 따라 안분계산한 금액과 30% 이상 차이 나는 경우에는 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있습니다.

그리고 시행령 제64조는 그 안분방식을 정하고 있습니다.

• 기준시가가 둘 다 있으면 기준시가 비율 안분
• 감정가액이 있으면 감정가액 비율 안분
• 그것도 어려우면 장부가액 또는 취득가액 등을 활용하여 안분

여기서 실무 변화가 생깁니다.
이전에는 “실질상 0원이 타당하다”는 논리로 비교적 접근할 수 있었는데, 2019년 이후에는 계약서상 건물가액 0원이더라도 안분가액과 30% 이상 차이 나면 그 0원 자체를 인정하지 않고 건물가액을 새로 계산해서 과세하는 구조가 생긴 것입니다.

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5. 2019년 이후에는 왜 철거 예정 건물도 과세된다고 보았나

이 지점에서 2021년 해석이 나옵니다.

 

2019년 개정 후에는 국세청이 규정을 엄격하게 해석했습니다.

실제로 법령해석과-2245(2021.06.29)를 인용하면서, 2019.1.1. 이후 토지와 그 토지에 정착된 사업용 건물을 일괄 양도하면서 건물가액을 0원으로 하고, 양수인이 잔금 지급일 또는 소유권이전등기일 전에 양도인의 승낙을 받아 건물을 철거하기 시작한 경우에도, 실지거래가액으로 구분한 금액이 시행령 제64조에 따른 안분계산 금액과 30% 이상 차이 나면 안분가액을 공급가액으로 본다고 설명하고 있습니다.

 

즉 2019년 이후 한동안의 실무는 이런 흐름이었습니다.

• 철거 예정이라는 사정이 있어도
• 실제 철거가 되었더라도
• 계약서상 건물가액 0원이 안분가액과 크게 차이나면
• 0원을 부인하고 안분한 건물가액으로 부가세 과세

이 때문에 현장에서 상당한 혼란이 생겼습니다.
거래 실질은 토지 취득에 가까운데도, 법령 구조상 기계적으로 안분을 적용하면서 건물분 부가세가 발생했기 때문입니다.

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6. 그래서 2022년에 다시 예외가 도입됩니다

이런 논란을 반영하여 시행령이 다시 개정됩니다.

현재 부가가치세법 시행령 제64조 제2항은 법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 일정한 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 인정한다고 규정하면서, 그 사유 중 하나로 “토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우”를 명시하고 있습니다.

 

이 규정은 2022.1.1. 이후 공급분부터 적용되는 것으로 정리되었습니다.

즉 2022년 개정의 취지는, 2019년 개정 후 너무 경직되게 안분 규정을 적용하면서 발생한 문제를 완화하여, 실제로는 철거 목적의 거래인데 형식상 건물가액이 0원이라는 이유만으로 무조건 과세되는 불합리를 줄이겠다는 데 있습니다.

 

다만 여기서도 주의할 점이 있습니다.
이 규정은 “철거 예정”이라는 말만으로 충분한 것이 아니라, 실제로 건물을 철거하고 토지만 사용한 경우를 전제로 합니다.

즉, 계약서 문구만 그렇게 써두고 실제로는 건물을 계속 사용하거나 임대하면 당연히 예외 적용이 어렵습니다.

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7. 정리하면 시기별로 판단 구조가 다릅니다

이 주제는 시기별로 나누어 봐야 가장 정확합니다.

 

① 2018.12.31. 이전

실질상 철거 예정이고, 실제 철거되었으며, 건물가액 0원이 정상적이라고 인정되면 0원 인정 여지가 있었습니다. 대표적으로 서면-2015-부가-0937이 그런 입장입니다.

 

② 2019.1.1. 이후 ~ 2021년 해석 흐름

30% 기준이 들어오면서 계약서상 건물가액 0원이라도 안분가액과 크게 차이나면 안분가액으로 과세하는 구조가 강화되었습니다. 실무상 철거 예정 거래에도 과세가 발생하는 사례가 늘었습니다.

 

③ 2022.1.1. 이후 공급분

시행령 제64조 제2항 제2호가 신설되어, 토지와 건물을 함께 공급받은 후 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 예외적으로 실지거래가액을 인정하는 방향으로 보완되었습니다.

즉, 같은 “철거 예정 거래”라도 계약 시점과 공급 시기에 따라 결론이 달라질 수 있습니다.

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8. 그런데 실무상 가장 중요한 건 여전히 “실질”입니다

법이 이렇게 바뀌었어도 최종 판단에서 가장 중요한 것은 여전히 실질입니다.

세무서가 보게 되는 핵심 포인트는 보통 다음과 같습니다.

• 계약 당시부터 철거가 예정되어 있었는지
• 실제로 철거가 이루어졌는지
• 철거 시점이 언제인지
• 매수인이 건물을 일시라도 사용했는지
• 건물 상태가 노후·폐가 수준인지
• 계약서상 건물가액 0원이 거래 현실에 비추어 합당한지

즉, “건물가액 0원”은 하나의 결과일 뿐이고, 그 결과가 실질에 부합하는지가 핵심입니다.
단순히 계약서에 0원이라고 적었다고 해서 끝나는 문제가 아닙니다.

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9. 별도로 매우 중요한 문제: 취득 부가세와 철거비용 부가세는 공제되는가

실무에서는 매도 시 부가세 문제만 생각하다가, 매수 후 철거비용이나 구건물 취득분 부가세를 놓치는 경우가 많습니다. 그런데 오히려 이 부분이 실무상 더 큰 부담이 되기도 합니다.

 

법령해석부가-2021-0080은 사업자가 건물을 신축하기 위해 건축물이 있는 토지를 취득하고 그 건축물을 철거하는 경우, 철거한 건축물의 취득가액은 시행령 제80조에 따른 토지의 자본적 지출에 해당하므로 관련 매입세액은 공제되지 않는다고 해석했습니다.

부가가치세법 시행령 제80조도 같은 취지입니다.

건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액이 토지 관련 매입세액으로 보아 공제되지 않는다고 규정합니다.

 

즉 실무에서는 다음이 발생할 수 있습니다.

• 매도 시점: 건물분 부가세 과세
• 매수 후 철거: 구건물 취득분 및 철거비용 관련 매입세액 불공제

이 때문에 “건물을 어차피 철거하니까 부가세 문제는 없겠지”라고 접근하면 오히려 큰 착오가 생깁니다.

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10. 다만 예외적으로 건물을 상당 기간 과세사업에 사용했다면 달라질 수 있습니다

여기서 하나 더 봐야 할 부분이 있습니다.

 

법령해석부가-2021-0080은 단서에서, 건물을 취득한 후 상당한 기간 동안 부가가치세 과세사업에 사용하다가 철거한 경우에는 철거한 건물의 취득가액과 관련된 매입세액이 토지의 자본적 지출 관련 매입세액에 해당하지 않을 수 있다고 설명합니다.

다만 이에 해당하는지는 취득 후 실제 과세사업 사용 현황 등 사실관계를 종합하여 판단해야 한다고 보았습니다.

 

이 부분은 매우 중요합니다.
처음부터 철거 목적으로 취득한 경우와, 일정 기간 실제 과세사업에 사용하다가 나중에 철거한 경우는 세법상 다르게 볼 수 있다는 뜻이기 때문입니다.

즉, 취득 목적과 사용 경과가 판단의 핵심입니다.

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11. 결론적으로 실무에서 어떻게 정리해야 하나

이 주제는 다음처럼 정리하는 것이 가장 정확합니다.

첫째, 토지와 건물을 함께 거래하면 원칙적으로 건물분은 부가세 과세 대상입니다.

둘째, 과거에는 철거 예정·실제 철거·0원의 합리성이 인정되면 건물가액 0원을 비교적 넓게 인정하는 해석이 있었습니다.

셋째, 2019년 개정으로 30% 기준이 도입되면서 계약서상 0원 기재만으로는 부족해졌고, 안분가액에 따라 과세되는 사례가 늘었습니다.

넷째, 2022년 개정으로 “철거 후 토지만 사용하는 경우” 예외가 시행령에 들어오면서 다시 실질을 반영할 수 있는 길이 열렸습니다.

다섯째, 별도로 구건물 취득분과 철거비용 관련 부가세는 토지 관련 매입세액으로 보아 불공제되는 경우가 많으므로, 매수인 입장에서는 이 부분까지 함께 검토해야 합니다.

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마무리

철거 예정 건물 거래는 표면적으로는 단순해 보이지만, 실제로는 부가가치세에서 가장 많이 실수하는 영역 중 하나입니다.

같은 “건물가액 0원”이라도

• 언제 거래했는지
• 실제로 철거했는지
• 철거 전 사용이 있었는지
• 안분가액과 얼마나 차이 나는지
• 구건물 및 철거비용 관련 매입세액이 있는지

에 따라 결과가 완전히 달라집니다.

그래서 이 주제는 계약서 문구 하나로 판단할 것이 아니라, 시기별 법령 구조 + 거래 실질 + 후속 사용 형태를 함께 보아야 정확합니다.