국세청 조사 vs 시청 조사｜두 번 조사받는 이유와 현명한 대응법

“국세청 조사를 막 끝냈는데, 이번엔 시청에서 또 조사 통보가 왔어요.”
이처럼 국세청과 지방자치단체의 세무조사가 비슷한 시기에 이루어지면 ‘이중조사 아니냐’는 의문이 생기기 마련입니다.

하지만 두 조사는 법적 근거부터 목적, 조사 방식까지 완전히 다릅니다.
오늘은 그 차이를 명확히 정리하고, 중복조사 상황에서 납세자가 취할 수 있는 실무 대응전략을 살펴보겠습니다.

국세청 조사 끝났는데 시청 조사까지? 두 조사는 서로 다른 법에 따른 ‘별개 절차’입니다.

국세청은 소득·거래 검증, 시청은 재산·감면 점검. 조사 목적이 완전히 다릅니다.

지방소득세 독립 신고 체계 때문에 각 지자체가 별도 조사에 착수합니다.

 

중복조사 시 대응 4가지: 법적 근거 확인 → 국세조사결과 활용 → 감면·취득 증빙 보관 → 필요 시 중단 요청.

조사 주체는 다르지만 데이터는 하나.NTIS–LTIS로 과세정보가 연결됩니다.

1️⃣ 조사 근거부터 다르다

국세청 세무조사는 「국세기본법」 제81조의4에 근거합니다.
이 조문은 세무조사의 목적·범위 제한, 재조사 금지 원칙을 명확히 규정하고 있습니다.
국세청은 소득세·법인세·부가가치세 등 국세 전반을 다루며, 목적은 과세표준과 세액의 적정 여부 확인입니다.
즉, 사업자나 개인의 소득·거래 실질 검증이 핵심입니다.

반면 지방세 세무조사는 「지방세기본법」 제82조~제85조에 근거합니다.

 

주요 내용은 다음과 같습니다.

• 제82조: 조사대상자 선정은 객관적 기준에 따라야 함
• 제83조: 조사개시 10일 전 서면 통지
• 제84조: 원칙적으로 20일 이내 완료, 필요 시 20일 연장 가능
• 제84조의3: 세목별 통합조사 원칙(동일인 반복조사 제한)
• 제85조: 조사 종료 후 서면 결과통지

지방세조사는 취득세·재산세·지방소득세 등 재산과 감면 중심의 항목을 점검하며,
특히 감면세액 사후관리가 주된 목적입니다.

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2️⃣ 국세조사와 지방세조사의 본질적 차이

구분	국세조사 (국세청)	지방세조사 (시·군·구)
법적 근거	국세기본법 제81조의4	지방세기본법 제82~85조
조사 목적	소득·거래의 실질 검증	재산 취득·감면의 적정성 검증
조사 세목	소득세·법인세·부가가치세 등	취득세·재산세·지방소득세 등
조사 주체	국세청(세무서·지방국세청)	시·군·구청 지방세과
조사 방식	현장 방문, 장부 검증, 인터뷰	서류 중심, 감면 사후관리형
통지 및 기간	조사개시 10일 전 통지	10일 전 통지, 20일 내 완료
중복조사 방지	동일 세목·기간 재조사 금지	통합조사 원칙으로 중복 제한

요약하면 국세조사는 소득 발생의 실질, 지방세조사는 재산 취득과 감면의 결과를 검증하는 구조입니다.

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3️⃣ 중복조사가 생기는 이유

지방세 세무조사권은 2013년 지방세법 개정으로 신설되었습니다.
이전에는 국세청이 법인세를 거두고 일부를 지자체에 배분했지만, 개정 이후 기업이 직접 지방소득세를 신고·납부하게 되면서
각 지자체가 독립적인 조사권을 갖게 되었습니다.

 

현재 전국 226개 지자체가 모두 세무조사권을 보유하고 있어, 하나의 기업이라도 여러 지자체가 조사에 착수할 수 있습니다.

예를 들어, 서울·부산·광주에 공장을 둔 A기업은 각 지자체가 “우리 지역 소득 안분이 적정한지”를 이유로 각각 조사할 수 있습니다.
이미 국세청에서 법인세 세무조사를 마쳤더라도,지방세 측면에서 별도의 기준으로 과세표준을 산정할 수 있는 구조입니다.

이때 동일 소득에 대해 서로 다른 과세표준이 적용되면 이중과세 위험이 발생합니다.

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4️⃣ 납세자가 취할 수 있는 대응전략

① 조사 통보 즉시 법적 근거 확인

국세청 조사와 동일 항목이라면, 지방세기본법 제84조의3(통합조사 원칙) 위반 여부를 검토해야 합니다.
필요 시 조사 중단 요청서 또는 이의신청서를 제출할 수 있습니다.

 

② 국세청 조사결과 적극 활용

국세청의 조사결과통지문은 지방세조사 방어에 강력한 증빙이 됩니다.
국세청이 이미 검증한 항목이라면, 지방세조사에서 동일 항목 조사는 제한되어야 합니다.

 

③ 감면·취득 관련 서류 철저 보관

지방세조사는 대부분 서류 중심으로 진행됩니다.
계약서, 감면신청서, 부동산 사용내역, 용도 증빙 등을 5년 이상 보관해야 합니다.

 

④ 중복조사 시 불복 절차 활용

지방세기본법 제88조에 따라, 지방세 부과처분에 불복 시 90일 이내 이의신청 가능합니다.
이후 조세심판원 심사청구 또는 행정소송으로 이어질 수 있습니다.

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5️⃣ 정부의 제도 개선 방향

중복조사 문제를 해결하기 위해 기획재정부와 행정안전부는 국세·지방세 조사정보 연계시스템을 추진 중입니다.

 

주요 개선안은 다음과 같습니다.

• 국세청 NTIS와 지자체 LTIS 간 데이터 자동 교환
• 동일 항목 조사 자동 차단 기능 도입
• 지방소득세 과세표준을 법인세 확정신고자료와 자동 연동
• 지방세 조사 사전통지 의무 강화 및 국세청 협의 절차 의무화

이 시스템이 정착되면 국세청 조사 이후 동일 항목의 지방세조사는 원칙적으로 차단됩니다.

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💡 정리하며 ― 조사는 다르지만, 데이터는 연결되어 있다

국세조사와 지방세조사는 각각 「국세기본법」과 「지방세기본법」에 근거한 별개의 절차입니다.
국세조사는 소득·거래의 실질을 검증하는 것이 목적이며,
지방세조사는 재산 취득과 감면의 적정성을 확인하기 위한 행정 절차로 운영됩니다.

두 제도의 조사 주체와 법적 근거는 다르지만, 과세자료는 전산망을 통해 상호 연계되어 있습니다.

국세청의 NTIS와 지방자치단체의 LTIS가 연결되면서 납세자의 신고·거래정보가 실시간으로 공유되는 구조가 구축되어 있습니다.

이에 따라 납세자는 기관별 조사를 구분하기보다, 모든 세목에서 일관된 신고자료와 증빙을 유지하는 것이 중요합니다.
조사 절차가 분리되어 있어도 과세정보는 동일한 데이터 체계 내에서 검증되기 때문입니다.

 

결국 국세조사와 지방세조사는 서로 다른 법체계 안에서 이루어지지만, 납세정보의 관리 단위는 통합적으로 작동하는 행정 구조로 정리됩니다.

 

 

 

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