정기 세무조사, 누구는 제외될까? ― 국세청 ‘비선정 기준’ 완전정리

사업자라면 누구나 한 번쯤 떠올려봅니다.
“올해는 세무조사가 나오는 걸까?”
하지만 실제 국세청의 정기 세무조사는 무작위 선정이 아니라, 전산 기반의 위험도 평가(Risk Score) 를 거쳐 결정됩니다.

그리고 그 과정에서 국세청은 명확한 ‘조사 제외·후순위’ 그룹을 운영합니다.

 

이번 글에서는 이러한 기준을 정확하게 설명해보겠습니다.

정기 세무조사가 무작위가 아닌 이유와 비선정 기준을 핵심만 압축해 정리했습니다.

국세청은 PCI·외부자료·소득률을 종합 분석해 정기조사 후보를 선별합니다.

성실신고 확인자와 영세사업자는 기본적으로 정기조사보다 간접관리 대상입니다.

모범납세자·우대기업과 자료 일치가 높을수록 정기조사 후순위로 분류됩니다.

외부자료·신고자료의 일치와 투명한 관리가 정기조사 제외 여부를 좌우합니다.

 

1️⃣ 정기 세무조사는 어떻게 선정되는가

정기 세무조사는 ‘매년 반복되는 계획 조사’이며, 국세청의 전산 시스템(NTIS, PCI 등)이 신고자료·외부자료를 교차 분석한 뒤
위험도가 높은 사업자를 후보군으로 올립니다.

• PCI 분석(소득·재산·소비 불일치 탐지)
• 업종·규모별 평균 대비 소득률 비교
• 수입금액·비용구조·신고추이의 급격한 변동
• 외부자료(카드·현금영수증·전자세금계산서 등)와의 불일치 여부

이들 지표를 종합해 정기조사 후보군 → 세무서·지방청 심사 → 최종 선정 절차로 이어집니다.
즉, 사업자가 “무엇을 신고했는가”보다 “신고된 자료가 얼마나 일관적인가”가 더 중요합니다.

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2️⃣ 정기 세무조사 제외·후순위로 분류되는 사업자

정확히 말하면 ‘면제’가 아니라 선정 후순위(또는 제외군) 입니다.

 

국세청은 조사 자원이 한정되어 있어, 리스크가 낮은 사업자를 배제하는 방식으로 운영합니다.

 

(1) ‘소규모 성실사업자’는 법령상 제외 대상

2022년 이후 국세청은 소규모 성실사업자(개인 기준)에 대해 정기 세무조사에서 원칙적으로 제외하고 있습니다.

조건은 다음과 같습니다.

• 성실신고확인서를 제출한 개인사업자
• 업종별 일정 수입금액 이하(소규모)
• 최근 일정 기간 탈루 혐의 없음
• 외부자료와 신고자료의 일치도가 높음

이들은 이미 외부 회계검증(세무대리인 확인)을 거쳤다는 점에서 정기조사 필요도가 낮다고 평가됩니다.

※ 단, 수입금액 증빙 조작·가공경비·누락의심 정황이 있으면 즉시 제외에서 탈락하며 비정기조사로 전환될 수 있습니다.

 

(2) 영세사업자(간편장부 대상자)는 대부분 정기조사 비대상

국세청은 도·소매·제조·서비스업 등 업종별로 수입금액 기준 미만 사업자를 정기조사보다는 자료검증·간접관리로 관리합니다.

 

대략적인 구간은 다음과 같은 수준입니다(관행적 운영 기준):

• 도·소매업: 6억 미만
• 제조·건설·운수업: 3억 미만
• 서비스업: 1.5억 미만

이들 사업자는 탈루 위험도가 낮은 것으로 분류되어 정기조사보다는 신고내용 확인·간단한 보완 요구 형태로 관리됩니다.

 

※ 다만 다음 업종은 영세라도 별도 관리 대상

• 전문직(의사·변호사·회계사 등)
• 부동산임대업
• 유흥·오락업
• 고수익 온라인 플랫폼 사업자

이들은 구조적 누락 가능성이 있어 개별 심사 후 선정될 수 있습니다.

 

(3) 국세청이 우대 관리하는 사업자군

국세청은 성실고지·일자리 창출·사회적 기여 성과가 높은 사업자에 대해 정기조사에서 후순위 또는 사실상 제외 그룹에 넣고 있습니다.

 

대표적으로:

• 모범납세자
• 일자리창출 우수기업
• 투자 확대 기업
• 혁신·수출 중소기업
• 사회적기업·장애인 표준사업장 등

이들은 조사 효율성보다는 정책적 유인 측면에서 배려받는 경우가 많습니다.

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3️⃣ 정기조사 선정의 핵심 지표는 ‘소득률의 정상성’

업종평균 대비 소득률이 지나치게 낮은 경우 정기 세무조사 위험도가 빠르게 증가합니다.

 

예시로:

• 업종 평균 소득률: 18%
• A사업자 소득률: 7%

이 경우 전산시스템은 “평균 대비 현저히 낮음 → 저신고 가능성” 으로 분류해 위험 점수가 올라갑니다.

 

반대로,

• 소득률이 업종평균 ±합리적 범위 내 존재
• 신고추이 변화가 급격하지 않음
• 외부자료와 신고자료가 일치

이런 사업자는 “성실신고자 그룹”으로 분류되어 정기조사 후보에서 자연스럽게 빠져나갑니다.

 

📌 중요한 점

소득률은 ‘단독 기준’이 아니라 평균 대비 격차 + 신고추이 + 외부자료 일치 여부가 동시에 평가됩니다.
국세청이 한 지표만 보고 선정하는 일은 없습니다.

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4️⃣ 정기조사 제외를 좌우하는 핵심: 매출자료의 일치

소득률보다 더 강력한 기준이 하나 있습니다.

바로 외부자료와 신고자료가 일치하는가입니다.

 

국세청은 다음 자료를 모두 수집합니다:

• 카드사 매출
• 현금영수증 발급 데이터
• 전자세금계산서
• 배달앱 정산자료
• PG사 매출
• 거래처의 매출·매입 신고자료
• 금융 계좌 입금 내역 일부(자료제출 의무 범위)

이 중 단 하나라도 ‘누락 의심’ 신호가 발생하면 정기조사 제외군에서 자동 제거됩니다.

반대로, 외부자료와 신고자료가 완벽하게 일치하는 경우 정기조사 필요성과 위험도가 크게 낮아지고,
실제로도 정기조사 제외·후순위 대상으로 분류되는 비율이 높습니다.

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5️⃣ 실무적 관점에서 정기조사를 피하는 방법

정기조사의 목적은 “탈루 적발”이 아니라 “신고검증”입니다.
관리만 잘하면 충분히 제외군으로 들어갈 수 있습니다.

 

1) 매출자료와 신고자료의 일치 유지

• 카드·현금영수증·배달앱 매출을 월별로 체크
• 사업자계좌를 통한 통일된 매출 관리
• 외부자료와 신고액이 다르면 전산에서 자동 감지됨

2) 비용 증가 시 사유 관리

• 인건비·임차료·매입 등이 갑자기 증가하면 장부 비고란에 사유를 간단히 메모해두면 좋습니다. (조사 시 증빙 역할)

3) 개인계좌 사용 최소화

• 개인계좌 입금액은 국세청 시스템은 ‘매출 가능성’으로 인식
• 가급적 개인·사업자 자금을 명확히 분리하는 것이 안전합니다.

4) 발급 의무 증빙(현금영수증·전자세금계산서) 철저하게

• 발급률이 높을수록 신고 신뢰도가 높아지고 위험도가 낮아집니다.
• ‘특정 비율 이상 자동 우수사업자’ 같은 공식 규정은 없지만, 발급률이 지속적으로 높으면 정기조사 선정은 매우 희박해집니다.

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🧭 결론 ― 정기조사 제외는 ‘운’이 아니라 ‘데이터의 결과’

정기 세무조사에서 제외되는 사업자는 이렇게 요약됩니다.

• 소규모 성실사업자(현행 제외 대상)
• 수입금액 기준 미만의 영세사업자
• 외부자료와 신고자료가 안정적으로 일치하는 사업자
• 업종 평균 대비 소득률이 정상 범위인 사업자
• 모범납세자·정책 우대대상 기업

결국 정기조사 제외 여부는 ‘평소 신고 데이터의 일관성’이 결정합니다.
누락 없이 투명하게 관리한 사업자는 국세청 전산에서 자연스럽게 위험도가 낮아지고, 정기조사 선정에서도 후순위(또는 제외군)으로 분류됩니다.

 

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