과점주주 제2차 납세의무 완전정리｜사례로 보는 요건·입증·불복 전략

과점주주의 제2차 납세의무는 “법인이 세금을 체납했을 때 누가 대신 책임지는가”라는 문제에서 출발합니다.
이 제도는 「국세기본법」 제39조에 규정된 만큼 법적 근거는 명확하지만, 실제 사건에서는 분쟁이 매우 많습니다.

 

특히 성립일 기준 주식 보유 여부, 양도 사실 입증, 법인 자산 존재 여부 등 여러 쟁점이 얽혀 실무자 입장에서는 판단이 쉽지 않죠.

실제 조세불복 사건을 보면, 과점주주 여부가 인정되느냐에 따라 수천만 원에서 수억 원까지 결과가 갈립니다.

 

오늘은 최근 심판례·국세청 회신을 중심으로, 실제 사례에서 어떤 기준으로 판단되는지 그리고 세무대리 현장에서 어떻게 대응해야 하는지를 정리해 보겠습니다. 실무에서 상당히 자주 접하는 영역입니다.

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1️⃣ 왜 과점주주 제2차 납세의무는 분쟁이 많을까?

과점주주 제도의 핵심 요건은 다음과 같습니다.

 

📌 발행주식 총수의 50% 초과 보유(특수관계인 합산 포함)

📌 납세의무 성립일 현재의 주식 보유

📌 법인의 경영 지배력

📌 법인 재산으로 충당 불가(보충성)

 

문제는, 이러한 요건이 사실관계와 문서 증빙에 따라 완전히 다른 결론이 나온다는 점입니다.

예를 들어, 주식 양도는 서류만 존재해도 인정될 때가 있는 반면, 금융거래가 없다는 이유로 부인되는 경우도 많습니다.

또 하나. 대부분의 납세자들은 “가지고 있는 지분 비율만 보면 되는 것 아니냐”고 오해하는데요.
실무에서는 “성립일 기준”이 가장 중요한 판단 포인트입니다.
납세의무가 성립한 시점에 주식을 1주라도 보유하고 있었다면 책임이 발생할 수 있죠.

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2️⃣ 사례 1: 성립일 전에 주식을 양도했다면 과점주주가 아니다

📚 국세청 심사-기타-2020-0003 (인용)

A씨는 건설업 법인의 대표이자 80% 주주였습니다.
하지만 2016년 7월경 대표이사직을 사임하고, 본인의 주장에 따르면 주식을 모두 양도했다고 했습니다.

문제는 같은 해 2기 부가가치세 체납이 발생하자, 과세관청이 “여전히 과점주주”라며 제2차 납세의무를 부과한 것입니다.

 

A씨는 다음과 같은 자료를 제출했습니다.

• 주식양수도계약서
• 주주총회 의사록
• 변경된 주주명부

심사청은 이를 모두 신뢰할 수 있는 자료로 보았고, 특히 납세의무 성립일(2016.9.30.) 당시에는 이미 지분을 보유하고 있지 않았다는 점을 인정했습니다.

🟢 결과: 과세 취소

 

👉 실무 코멘트
이 사건은 제2차 납세의무가 “성립일 기준”이라는 점을 명확히 보여줍니다.
지분을 양도했다면 반드시 그 시점을 증명할 수 있는 문서를 확보해야 하고, 이 부분에서 대리인이 역할을 잘하면 결과가 크게 달라집니다.

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3️⃣ 사례 2: 금융거래가 없어도 주식 양도가 인정된 경우

📚 국세청 이의-서울청-2024-0091 (인용)

B씨는 초기에 대표·주주로 참여했으나, 이후 개인 사정으로 전량 양도했다고 주장했습니다.

 

제출 자료는 다음과 같았죠.

• 주식양수도계약서
• 증권거래세 신고서
• 법인세 수정신고 내역
• 주주총회 결의

그런데 세무서는 “양도대금 입금 내역이 없다 → 실질 양도 아님” 이라며 과점주주로 재지정했습니다.

 

하지만 재심위원회는 다음과 같이 판단했습니다.

• 계좌이체만이 양도의 유일한 증빙은 아님
• 계약서와 세무신고 흐름이 일치
• 양수인의 실제 경영 참여가 확인됨

즉, 다양한 정황 증빙이 결합되면 실질 양도로 인정될 수 있다는 것입니다.

🟢 결과: 인용 (납세자 승)

 

👉 실무 코멘트
현장에서 가장 오해가 많은 부분입니다.
주식 양도는 반드시 “돈이 오가는 금융증빙”이 있어야 한다고 생각하는 경우가 많지만, 실무는 훨씬 더 실질 중심입니다.
특히 증권거래세 신고는 양도 사실을 강하게 뒷받침합니다.

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4️⃣ 사례 3: 25%만 보유했다면 과점주주가 아니다

📚 국세청 징세과-254 (유권해석)

폐업한 법인의 대표가 25%의 지분을 보유하고 있었고, 세무서는 이를 근거로 제2차 납세의무를 검토했습니다.

 

그러나 국세청의 회신은 명확했습니다.

• 주식 50% 초과 보유 요건 불충족 → 과점주주 아님
• 법인이 폐업했더라도 이미 성립한 제2차 납세의무는 소멸하지 않는다

즉, 보유 비율만 보아도 명확히 판단할 수 있는 사안이었습니다.

 

👉 실무 코멘트
가족회사에서 자주 발생하는 유형입니다.
특수관계인 지분 합산을 간과하는 경우도 많아서, 지분 구조를 정확히 분석해야 합니다.

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5️⃣ 사례로부터 얻는 실무 핵심 5가지

1. 성립일 기준으로 판단한다.
   세법상 납세의무 성립일은 절대적인 기준입니다. 이후 양도는 의미가 없습니다.
2. 입증책임은 납세자에게 있다.
   계약서·세무신고·주주명부 등 문서가 중요합니다. “말로만 양도했다”는 주장만으로는 절대 인정되지 않습니다.
3. 형식보다 실질이 우선한다.
   이름 대신 실질 지배력이 있으면 과점주주로 인정될 수 있습니다.
   실무에서 종종 조세회피 목적으로 명의신탁이 문제됩니다.
4. 법인 자산으로 충당 가능하면 책임 없다.
   제2차 납세의무는 보충적 책임이기 때문에, 법인 재산이 충분하면 주주에게 부과할 수 없습니다.
5. 불복 절차를 적극 활용해야 한다.
   요건이 매우 복잡한 만큼, 자료만 정리하면 뒤집히는 사례가 적지 않습니다.
   실제로 과점주주 지정 취소 사례가 꽤 많습니다.

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6️⃣ 실무 대응 전략 ― 사전 예방이 가장 강력하다

과점주주 이슈는 사건이 터지고 나면 대응이 꽤 어렵습니다.

 

따라서 다음과 같은 사전 관리가 매우 중요합니다.

• 지분 구조 점검: 특수관계인 합산 50% 초과 여부 확인
• 경영 참여 기록 관리: 형식적 주주임을 입증하는 데 유리
• 체납 여부 확인: 신규 투자 시 반드시 확인해야 하는 항목
• 양도 시 근거자료 확보: 주식양수도계약서·증권거래세·주주명부는 필수
• 불복 절차 준비: 과점주주 지정 통지를 받는 순간부터 전략 필요

실제로 세무조사 단계가 아니라 ‘지정 통보 단계에서 바로 대응’하는 것이 훨씬 유리합니다.

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7️⃣ 정리 — 실무자가 반드시 기억해야 할 3가지

✔ 첫째, 성립일 기준을 정확히 확인하기
✔ 둘째, 주식 변동 사실은 문서로 입증하기
✔ 셋째, 법인과의 실질 관계를 명확히 단절하기

 

제2차 납세의무는 단순한 투자자 수준이 아니라, 때로는 법인의 체납세금까지 책임지는 ‘유사 공동납세자’가 될 수 있습니다.
따라서 가족회사나 소규모 법인에서는 구조를 한 번 더 점검해보는 것이 좋습니다.

 

 

 

 

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