3) 농어촌·고향주택 비과세 가능할까? ― 도시지역·취득시기·3년보유 기준 한 번에 정리

농어촌이나 고향에 집을 한 채 마련하는 건 생각보다 많은 사람이 고민하는 일입니다.
단순히 부동산 투자 목적이 아니더라도, 부모님 댁과 가까운 공간을 확보하거나 주말 쉼터를 만들고 싶은 이유도 있죠.

 

그런데 문제는 주택을 한 채 더 취득하는 순간, 1세대 1주택 비과세가 사라질 수 있다는 점입니다.
현실적인 절세 구조를 생각하면 이 부분이 부담이 될 수밖에 없습니다.

 

그래서 조세특례제한법(조특법)은 도시 거주자를 위해 “농어촌주택·고향주택을 주택 수에서 제외해주는 특례”를 운영하고 있습니다.
다만 제도 자체가 단순하지 않고, 적용 요건이 상당히 세부적으로 나뉘기 때문에 정확한 기준을 알고 접근해야 합니다.

 

특히 ‘읍·면이라도 도시지역이면 제외’, ‘취득 시기 제한’, ‘사후관리 의무’ 같은 요건은 실무에서 반복적으로 오류가 발생하는 부분입니다.

 

이 글은 조특법 제99조의4·시행령 기준으로 2025년까지 적용되는 특례만을 정리한 글입니다.

“농어촌·고향주택, 조건 충족 시 주택 수에서 제외됩니다.”

“농어촌주택: 읍·면 + ‘비도시지역’이 핵심 요건입니다.”

“고향주택: 출생지 시·군·구 + 도시지역 제외 규정.”

“양도 후 3년 보유해도 비과세 유지되는 ‘사후완성’ 구조.”

“위치·시기·보유 3요건 충족 여부가 비과세를 결정합니다.”

 

1️⃣ 특례의 법적 구조 

조특법 제99조의4는 도시 거주자가 농어촌이나 고향에 주택을 취득하면 해당 주택을 주택 수에서 제외할 수 있게 하는 규정입니다.
즉, 농어촌주택·고향주택은 “없는 것으로 간주”되고, 도시의 일반주택을 매도할 때 1세대 1주택 비과세가 그대로 적용됩니다.

이 제도는 단순 투자 목적이 아니라, 농촌·고향 지역의 정착을 장려하겠다는 정책적 취지입니다.

 

그래서 혜택은 크지만, 그만큼 요건도 까다롭습니다.

 

✔ 핵심 구조 

• 일반주택 1채 + 농어촌·고향주택 1채 → 일반주택 비과세 유지
• 단, 조특법이 정한 요건(지역·시기·보유기간)을 충족해야 함
• 주택 수 제외 판단 시점 = 일반주택 양도일

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2️⃣ 농어촌주택 요건 — ‘읍면 + 비도시지역’이라는 이중 조건

농어촌주택은 단순히 “읍·면 지역”이라는 주소가 기준이 아닙니다.
조특령은 다음 요건을 동시에 요구합니다.

 

✔ 농어촌주택 요건(요약)

• 읍 또는 면 지역에 위치할 것
• 도시지역이 아닐 것(국토계획법상 도시지역이면 무조건 제외)
• 취득 시기: 2003.8.1 ~ 2025.12.31

실무에서는 “읍·면”이라는 주소만 보고 농어촌주택으로 착각하는 경우가 많지만, 도시지역으로 지정된 읍 지역은 특례에서 제외됩니다. 국토계획법상 용도지역을 반드시 확인해야 합니다.

 

📌 코멘트:
토지이용규제정보서비스(LURIS)에서 “도시지역 여부”가 무엇보다 중요합니다.
이걸 잘못 보면 전체 비과세가 부인될 가능성이 높습니다.

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3️⃣ 고향주택 요건 — 출생지 기준 + 도시지역 제외 규정

고향주택은 조금 다른 방식으로 판단합니다.
기준은 본인 또는 배우자의 출생지가 속한 시·군·구입니다.

 

✔ 고향주택 요건

• 출생지 시·군·구 내 주택일 것
• 원칙적으로 읍·면 중심, 일부 동 지역도 가능
• 단, 광역시·특별시의 동 지역은 제외
• 취득 시기: 2009.1.1 ~ 2025.12.31

출생지는 주민등록지가 아니라 “출생등록지”이기 때문에 가족관계등록부로 확인하는 것이 가장 정확합니다.

 

 

4️⃣ 취득 시기 요건 — 2025년 말까지가 사실상 마지막 기회

조특법은 상시규정이 아니기 때문에 취득기간이 정해져 있습니다.

• 농어촌주택: 2003. 8. 1 ~ 2025. 12. 31
• 고향주택: 2009. 1. 1 ~ 2025. 12. 31

 2025년 말 이후 연장 가능성이 있을 수도 있지만, 현재 기준으로는 2025년 취득분까지만 인정됩니다.

 

✔ 취득일 판단 기준

• 잔금일과 등기접수일 중 빠른 날

📌 코멘트:
해외 체류 중 등기가 지연되는 사건도 종종 있습니다.
이 경우 잔금일이 취득일이 되므로 반드시 잔금일을 정확히 기록해 두어야 합니다.

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5️⃣ 보유기간 요건 — 3년 보유 + 사후관리 가능 규정

농어촌주택·고향주택 모두 최소 3년 보유가 기본 요건입니다.

하지만 조특령에서 중요한 예외를 하나 두고 있습니다.

 

✔ ‘사후완성’이 가능한 특례

일반주택을 먼저 양도해도, 이후 남은 농어촌주택·고향주택을 3년 보유해서 요건을 완성하면 비과세 적용을 유지할 수 있습니다.

 

즉, “일반주택을 팔고 → 농어촌주택을 계속 보유해 → 3년을 채우는 방식”이 가능한 구조입니다.

물론, 여기에는 “부득이한 사유”가 있는 경우가 전제되며 취득 후 전부 멸실되거나 수용·상속 등의 사유에서도 인정될 수 있습니다.

 

📌 코멘트:
비과세 적용 후 3년 보유를 위반하면 바로 추징입니다.
“비과세 받고 바로 팔아도 된다”는 잘못된 정보로 신고하는 사례가 있습니다.

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6️⃣ 일반주택 양도 시점이 가장 중요하다

특례 적용 여부는 일반주택을 양도하는 시점에 농어촌·고향주택 요건이 충족되는지로 판단합니다.

 

그래서 실무에서는 다음 순서로 체크합니다.

 

✔ 일반주택 양도 전 체크리스트

• 취득 시기 충족?
• 소재지가 읍·면 + 비도시지역?
• 고향주택이면 출생지 요건 충족?
• 보유기간 3년 충족 또는 사후관리 가능?

이 네 가지 중 하나라도 틀리면 일반주택 비과세 자체가 배제됩니다.

 

📌 코멘트:
양도 후 3년 보유 요건을 완성할 계획이 없다면 특례 적용 자체를 하지 않는 것이 낫습니다.

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7️⃣ 이해를 돕는 간단한 구조 예시

 

📌 예시 1. 농어촌주택을 먼저 취득한 경우

• 2022년: 경북 ○○면 주택 취득
• 2024년: 서울 아파트 양도
• 2026년까지 농어촌주택 보유

→ 일반주택(서울) 비과세 적용됨. → 농어촌주택은 3년 보유 요건 충족 → 최종 인정.

 

📌 예시 2. 고향주택 사후완성 사례

• 배우자 출생지: 전남 ○○군
• 2024년 고향주택 취득
• 2025년 일반주택 양도
• 2027년까지 3년 보유 유지

→ 비과세 유지 가능(사후완성 인정).

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8️⃣ 실무에서 가장 많이 발생하는 오류 Top 5

1. 읍·면인데도 도시지역 → 특례 불가
2. 취득일이 2025년 이후라고 착각 → 기한 오류
3. 출생지 요건 오해 → 고향주택에 해당 안 됨
4. 3년 보유 전 매도 → 비과세 추징
5. 일시적 2주택 특례와 혼용 신고 → 적용 순서 오류

이 다섯 가지는 실제로 많이 발생하는 분쟁 유형입니다.

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🔚 농어촌·고향주택 특례는 ‘3요소’로 끝난다

조특법 99조의4는 복잡해 보이지만 사실 기준은 세 가지로 요약됩니다.

① 위치 요건: 읍·면 + 비도시지역

② 취득 시기: 2025년 12월 31일까지

③ 보유기간: 최소 3년(사후완성 가능)

 

이 세 가지가 충족되면 도시 일반주택을 양도할 때 주택 수에서 제외할 수 있어 1세대 1주택 비과세를 안전하게 유지할 수 있습니다.

특히 올해(2025년)는 취득 기한의 마지막 해이기 때문에 계획이 있다면 서둘러 취득 여부를 검토하는 것이 필요합니다.

 

그리고 비과세는 “신고 시점만이 아니라 사후관리까지 포함해서 완성된다”는 점을 항상 염두에 두어야 안전합니다.

 

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