세대구분형 아파트, 1세대 1주택 비과세 되나? ― 국세청 예규로 완벽 정리(2022 최신)

세대구분형 아파트는 외형상 하나의 주택이지만 내부는 두 세대가 완전히 분리된 형태입니다.
부엌·욕실·현관까지 모두 따로 설치되어 있어 실생활에서는 사실상 “두 집처럼” 활용되는데요.

 

문제는 세법에서는 내부 구조보다 등기 단위를 기준으로 판단한다는 점입니다.
그래서 실무에서는 “이 구조가 과연 1세대 1주택 비과세 대상인가?”라는 질문이 반복적으로 등장합니다.

 

특히 일부 공간을 임대하면서 본인은 다른 공간에서 거주하는 패턴이 많다 보니, 임대했기 때문에 비과세가 부인되는지, 거주기간을 어떻게 계산해야 하는지 혼란이 생기곤 합니다.

이번 글에서는 국세청 예규를 중심으로, 세대구분형 아파트의 양도세 비과세 기준을 법령 체계에 맞춰 정리합니다.

 

“겉은 둘처럼 보여도 세법은 등기 기준으로 판정합니다.”

“내부구조보다 등기단위가 비과세 판단의 핵심입니다.”

“일부 임대해도 2년 거주하면 전체 비과세 가능합니다.”

“조정지역은 2년 거주, 비조정지역은 2년 보유만 충족.”

“구분등기·거주기간·주소 일치만 확인하면 충분합니다.”

1️⃣ 세대구분형 아파트의 법적 개념 ― “겉으론 둘, 법적으론 하나”

세대구분형 공동주택은 「주택법」 제2조 제19호에서 다음과 같이 정의됩니다.

“공동주택 내부 공간 일부를 세대별로 구분하여 생활이 가능하게 하되, 그 구분된 공간의 일부를 구분소유할 수 없는 주택.”

 

즉, 세대는 나뉘어 있지만 구분등기가 불가능한 구조입니다.
주거전용면적 기준·설치기준·안전기준 등의 요건은 주택법 시행령 제9조에서 구체적으로 정하고 있죠.

 

핵심을 하나로 정리하면 다음과 같습니다.

• 내부 구조: 두 세대로 구분
• 등기 구조: 하나의 주택
• 소유 가능성: 구분소유 불가

따라서 세법에서는 이러한 주택을 등기 기준 하나의 주택으로 해석합니다.
이 부분이 비과세 판정의 1단계입니다.

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2️⃣ 국세청 예규(서면-2021-법규재산-0531)의 핵심 결론

국세청 해석은 세대구분형 아파트의 비과세 여부를 명확하게 정리했습니다.

 

✔ 결론

일부를 임대하고, 다른 일부에 1세대가 2년 이상 실제 거주했다면 전체 주택을 1세대 1주택으로 보아 비과세 가능하다.

 

이 문구는 실무적으로 큰 의미를 갖습니다.
즉, 임대 여부가 판단 기준이 아니라 등기상 1주택인지, 그리고 거주 요건을 충족했는지가 핵심이라는 뜻입니다.

 

예규의 사실관계도 참고해 보면 구조 이해가 빨라집니다.

• 조정대상지역에서 취득
• 일부 공간 임대
• 다른 공간에서 1세대가 실제 2년 이상 거주
• 전체 양도차익에 대해 비과세 인정

여기서 “세대구분형”이라는 물리적 구조는 판단 기준이 아니었습니다.
세법은 오직 등기 단위와 보유·거주 요건 충족 여부만 봅니다.

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3️⃣ 세법상 비과세 판정 기준 ― 등기 단위 + 거주기간 조합

주요 조문은 소득세법 제89조 제1항 제3호(비과세)와 시행령 제154조(보유·거주 요건)입니다.

 

✔ 조정대상지역 취득(2017.8.3. 이후 취득)

• 2년 보유 + 2년 거주 모두 충족해야 함

✔ 비조정대상지역 취득

• 2년 보유만 충족하면 비과세 가능
• 거주 요건 없음

세대구분형 아파트는 이 기준을 그대로 적용합니다.
즉, “특례”가 따로 있는 것이 아니라 일반 주택과 동일한 요건입니다.

 

💡 여기서 실무 포인트 하나

세대구분형 구조라도 전체 주택의 거주 여부를 판단할 때 “등기 기준 하나의 주택”이므로 자가 거주한 부분에서의 거주기간만 충족하면 됩니다.

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4️⃣ 구조 예시

 

 

📌 예시 1. 임대 1/2 + 거주 1/2

• A구역: 본인이 거주(침실, 거실, 부엌 포함)
• B구역: 임대(독립된 현관·욕실)
• 등기: 전체가 1필지·1등기

👉 판정:
본인이 A구역에서 2년 이상 실제 거주했다면 전체를 1세대 1주택으로 보고 비과세.

※ 실무에서는 “임대한 부분의 면적이 더 크면 비과세가 안 되는가?”라는 질문이 많은데, 면적 비율은 전혀 기준이 아님.

 

📌 예시 2. 조정대상지역 취득 후 일부 임대

• 2021년 조정지역 아파트 취득(세대구분형)
• 본인은 작은 거실 공간에서 2년 실거주
• 나머지 방 2개는 임대
• 2024년 양도

👉 판정:
조정지역 → 2년 거주 충족 → 전체 비과세 가능

예규 사실관계와 매우 유사한 구조입니다.

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5️⃣ 월세 세액공제는 “임차한 공간” 기준으로 판단

세대구분형 아파트는 일부를 임대하는 경우가 많기 때문에, 임차인의 월세 세액공제(소득세법 제95조의2)가 자주 문제됩니다.

기재부 소득세제과-433(2023.5.19)은 이렇게 정리합니다.

 

✔ 결론

임차인이 세대구분된 일부 공간만 임차했다면 해당 공간 기준으로 전용면적·기준시가를 판단한다.

 

즉, 전체 아파트 기준으로 판단하지 않습니다.

 

예를 들어 전체 기준시가가 9억이라도, 임차 공간이 그 중 1/3이면 임차 부분은 약 3억 기준으로 판단합니다.
전용면적도 실제 임차 공간만 따로 계산합니다.

 

이 기준 덕분에 세대구분형 아파트의 임차인은 일반 아파트보다 월세 세액공제 요건을 충족할 가능성이 높습니다.

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6️⃣ 실무에서 자주 발생하는 쟁점 5가지

실무에서는 단순히 “임대했는지 여부”가 문제가 아니라 아래 5가지를 잘못 이해해 분쟁이 발생합니다.

 

① 세대구분형인데 ‘서로 독립된 주택’이라고 오해

구분등기가 불가능한 구조라면 무조건 1주택으로 간주합니다.
실제로 다가구주택과 달리, 세대구분형은 각 공간을 개별 양도할 수 없기 때문입니다.

 

② 임대했으면 거주기간이 끊긴다고 착각

임대 여부는 거주 요건 판단과 무관합니다.
본인이 거주한 공간에서 실제 거주 기간이 2년 이상인지가 기준입니다.

 

③ 조정지역 요건 계산 착오

조정지역에서는 2년 거주가 필수입니다.
임대와 거주는 혼재되어도 상관없지만 자가 거주한 부분에서 2년을 채워야 합니다.

 

④ 월세 세액공제 주소 불일치

세입자가 임차한 공간의 주소와 계약서 주소가 다르면 공제가 부인됩니다.
세대구분형은 같은 동·호수라도 내부 구조가 다르기 때문에 실제 임차 공간과 전입 주소가 달라지는 오류가 자주 나타납니다.

 

⑤ 구분등기 여부 미확인

구분등기가 되어 있다면 세대구분형이 아니라 “별도 주택 2채”입니다. 이 경우 비과세는 사실상 불가능합니다.

 

7️⃣ 세대구분형 아파트 비과세 체크리스트

• 등기상 1주택인지 확인(구분등기 여부 필수)
• 일부 임대와 무관하게 2년 거주 충족 여부
• 조정지역 취득 시 2년 거주요건 충족
• 월세 세액공제는 임차한 공간 기준
• 임대차계약서·전입신고 주소 일치 여부 점검
• 전용면적·기준시가 계산 시 임차 공간 기준 적용

세대구분형 구조는 외형상 복잡해 보여도, 세법은 “등기 기준 1주택인지”만 보면 구조가 단순해집니다.

 

🔚 세대구분형 구조보다 중요한 건 ‘등기’와 ‘거주기간’

세대구분형 아파트의 양도세 비과세는 내부 구조가 아니라 등기 단위 + 실제 거주기간으로 판단합니다.

• 임대 여부는 판단 기준 아님
• 2년 이상 실거주하면 조정지역도 비과세 가능
• 비조정지역은 2년 보유만 충족하면 비과세
• 임차 공간 세액공제는 임차한 부분 기준
• 구조가 아닌 “서류”가 비과세 요건을 결정

결국 세대구분형 아파트의 비과세 판단은 단순합니다.

등기상 1주택인지 확인하고, 본인이 거주한 공간에서 2년 이상을 채웠는지 확인하면 된다.

 

양도 전 이 두 가지만 체크하면 대부분의 오해와 분쟁을 피할 수 있습니다.

 

 

 

 

 

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