비과세 되는 줄 알았다가 추징당하는 상황 5가지｜1세대 1주택 실무 오류 해설

1세대 1주택 비과세는 단순히 “집 한 채만 있으면 비과세”라는 구조가 아닙니다.
취득 시점, 보유·거주 요건, 조정대상지역 지정 여부, 특례 적용 가능 여부 등이 각각 정확히 충족되어야 하며, 하나라도 맞지 않으면 비과세는 배제됩니다.

이 과정에서 세대원 이동, 증여·상속, 용도변경 등 여러 변수가 개입되기 때문에 실무에서는 의도치 않게 비과세 요건을 충족하지 못하는 사례가 많습니다.

 

아래 내용은 반복적으로 등장하는 비과세 배제 유형 다섯 가지를 정리한 것입니다.

기본 구조는 단순해 보이지만, 날짜·순서·용도 판정의 오류로 인해 수천만 원의 양도세가 추가되는 경우도 적지 않습니다.

---

1️⃣ 상가를 주택으로 변경한 뒤 바로 매도한 경우

상가를 주택으로 용도변경하면 보유기간을 ‘전체 기간’으로 계산해도 되는 것으로 오해하는 사례가 매우 많습니다.

하지만 「소득세법 시행령」 제154조 제1항은 주택 보유기간은 “주택으로 사용한 날부터 계산”한다고 규정합니다.

즉, 상가로 사용한 기간은 주택 보유기간에 포함되지 않습니다.

 

또한 조정대상지역에서 취득한 경우라면 “거주요건(2년)” 역시 용도변경일을 기준으로 다시 계산합니다.

 

✔ 실무에서 자주 등장하는 오해
“10년 상가 → 1년 주택 전환 → 총 11년인데 장특공·비과세 가능하죠?”
→ 불가. 주택 보유기간은 1년이며, 거주기간 역시 1년으로 계산됩니다.

국세청 서면-2024-법규재산-0823 → “상가에서 주택으로 변경한 경우, 변경일부터 보유·거주기간을 기산한다.”

 

✔ 실무 체크

• 건축물대장 용도변경일이 주택 보유기간의 시작
• 조정지역이라면 변경일 기준 거주 2년 필요
• 변경 직후 양도하면 비과세·장특공 모두 배제

 실제 주거용으로 사용한 기간이 길더라도, 건축물대장 용도변경이 늦게 처리된 경우 비과세가 배제되는 사례가 반복됩니다.

---

2️⃣ 공동명의 주택에서 지분별 취득시점이 다른 경우

지분 취득 시점이 서로 다를 때는 각 지분별로 조정대상지역 여부가 달리 적용될 수 있습니다.
많은 납세자가 이 부분을 간과하고 “지분 전체를 현재 시점 기준으로 판단하면 된다”고 생각하지만, 이는 잘못된 해석입니다.

 

예를 들어,
① 남편: 2020년 1/2 지분 취득(조정지역)
② 아내: 2022년 1/2 지분 취득(비조정지역 해제 후)

이 경우 전체 주택이 비조정지역이더라도, 남편이 취득한 지분은 여전히 조정지역 취득분이므로 해당 지분에는 2년 거주요건이 적용됩니다.

사전답변 2025-법규재산-0030 → “지분별 취득시점이 다르면 조정지역 여부를 각각 판단한다.”

 

✔ 실무 체크

• 지분 취득일을 각각 기록
• 조정지역 취득 지분이 존재하는 한 전체 주택 비과세 요건은 충족되지 않음
• 증여·상속으로 지분 변경 시에도 동일하게 적용

설령 절반만 조정지역에서 취득했더라도, 그 지분이 있는 동안은 전체 비과세 판단에 영향을 미치므로 매우 주의가 필요합니다.

---

3️⃣ 상속주택이 1+1 입주권으로 전환된 경우

상속주택 특례(시행령 155조 2항)는 상속으로 인해 일시적으로 2주택이 된 경우 일반주택 양도 시 비과세를 유지할 수 있도록 하는 제도입니다.
그러나 상속주택이 재개발·재건축 사업으로 ‘1+1 조합원입주권’으로 전환되면 문제가 발생합니다.

 

입주권 1+1 구조는 → 상속주택 1채 → 입주권 2개 즉, 총 3주택 상태가 됩니다.

이 경우 더 이상 상속주택 특례가 유지되지 않으며, 일반주택 양도 시 비과세가 배제됩니다.

 

✔ 실무에서 실제로 많이 발생하는 이유
정비사업이 진행되면 조합원 선택에 따라 1+1이 자동으로 적용되는 경우가 있고, 상속인이 이를 깊이 검토하지 않은 채 진행하는 사례가 많습니다.

 

✔ 실무 체크

• 상속주택이 정비구역에 있는지 미리 확인
• 1+1 전환 예정이라면 ‘일반주택을 먼저 양도’하는 방식으로 일정 조율
• 상속직후는 2주택이지만, 1+1 전환 후에는 3주택이 된다는 점 유의

상속주택 특례는 “상속 당시” 요건을 기준으로 하므로 이후 구조가 변하면 특례 적용이 사라집니다.

---

4️⃣ 입주권을 상속받은 뒤 일반주택을 취득한 경우

입주권과 일반주택이 동시에 있는 경우 비과세 특례(시행령 156조의2 6항)를 적용할 수 있습니다.

 

하지만 이 규정은 입주권보다 일반주택이 먼저 취득된 경우에만 적용됩니다.

즉, 입주권 상속 → 이후 일반주택 취득 → 일반주택 양도 → 비과세 불가

 

반대로, 일반주택 보유 → 입주권 상속 → 일반주택 양도 → 특례 적용 가능

 

✔ 핵심은 ‘순서’
입법취지 자체가 “기존 주택을 가진 사람이 뜻하지 않게 입주권을 상속받는 경우 보호”하기 위한 규정이기 때문에, 순서가 바뀌면 특례가 성립하지 않습니다.

 

✔ 실무 체크

• 상속개시일(사망일)과 일반주택 취득일을 정확히 비교
• 상속이 예정된 상황이면 일반주택 취득 시점 조정 필요
• 등기일이 아니라 “취득일(잔금일·등기일 중 빠른 날)” 기준으로 판단

실제로는 상속개시일과 잔금일을 혼동해 비과세를 잘못 적용한 사례가 매우 많습니다.

---

5️⃣ 일시적 1주택 + 1분양권 + 상생임대주택 특례 오적용 사례

조정대상지역 내에서 분양권을 보유한 상태로 기존 주택을 팔 때는, 3년 이내 양도 등 여러 요건이 충족되어야 합니다(시행령 156조의3).
여기에 상생임대주택 특례를 이용해 거주요건을 면제하려다 실패하는 사례가 실무에서 매우 반복됩니다.

 

가장 흔한 문제는 다음과 같습니다.

✔ 확정일자 누락
✔ 임차인의 전입신고 지연
✔ 임대료 인상률 5% 초과
✔ 임대기간 2년 미충족

 

이 중 하나라도 빠지면 상생임대 특례 적용이 인정되지 않으며, 결국 원래의 비과세 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 비과세 배제가 됩니다.

 

✔ 실무 체크

• 임대계약서 작성 즉시 확정일자·전입신고 처리
• 임대료 5% 규정 준수
• 분양권 취득일과 기존 주택 양도일 간 3년 기한 관리
• 상생임대 특례는 요건 하나라도 빠지면 전부 무효

특히 분양권을 가진 상태에서 비과세를 판단할 때는 “주택 수 증가”로 인한 중과 가능성까지 함께 검토해야 합니다.

---

✅ 비과세는 ‘조건’보다 ‘순서’가 더 중요하다

1세대 1주택 비과세는 요건을 충족시키는 문제라기보다, 취득·전환·상속·용도변경의 순서를 관리하는 문제에 가깝습니다.
주택 수 계산, 조정지역 여부, 보유·거주기간의 기산점 등이 모두 날짜 중심으로 움직이기 때문입니다.

 

따라서 양도 직전에는 반드시 다음을 정리해야 합니다.

• 주택별 취득일(잔금·등기·사용승인)
• 상속 개시일·용도변경일
• 조정대상지역 지정 변동
• 특례 적용 가능 시점과 순서

세법상 비과세는 작은 날짜 하나, 계약서 한 줄로 결과가 완전히 달라질 수 있습니다.

 

 

 

📚 함께 보면 좋은 글
일시적 2주택·농어촌·상생임대 특례까지
세대구분형 아파트, 1세대1주택 비과세는 어떻게 될까?
해외이주와 1세대 1주택 비과세